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- PDB-1gxt: Hydrogenase Maturation Protein HypF "acylphosphatase-like" N-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxt
タイトルHydrogenase Maturation Protein HypF "acylphosphatase-like" N-terminal domain (HypF-ACP) in complex with Sulfate
要素HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
キーワードPHOSPHATASE (ホスファターゼ) / ACYLPHOSPHATASES / HYDROGENASE MATURATIONS / FIBRIL FORMATION / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-S結合を形成 / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ATPase complex / ligase activity / protein maturation / double-stranded RNA binding / protein-containing complex assembly / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / HypF finger / HypF Kae1-like domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site ...Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / HypF finger / HypF Kae1-like domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbamoyltransferase HypF
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Rosano, C. / Zuccotti, S. / Stefani, M. / Bucciantini, M. / Ramponi, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure and Anion Binding in the Prokaryotic Hydrogenase Maturation Factor Hypf Acylphosphatase-Like Domain
著者: Rosano, C. / Zuccotti, S. / Bucciantini, M. / Stefani, M. / Ramponi, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2002年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7164
ポリマ－10,4621
非ポリマー2543
水2,612145
1
A: HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,29424
ポリマ－62,7726
非ポリマー1,52218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.095, 58.095, 155.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF


分子量: 10461.952 Da / 分子数: 1 / 断片: ACYLPHOSPHATASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P30131
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130.0 %(w/v)PEG40001reservoir
2100 mMsodium acetate1reservoirpH5.5
38.0 mg/mlprotein1drop
410.0 %(v/v)glycerol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8443
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8443 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 28517 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 299640
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 16.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.27→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.65 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 1269 5 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.136 23971 93.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20.64 Å20 Å2
2--1.29 Å20 Å2
3----1.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数713 0 14 145 872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0481.9551035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.51431593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.604391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.72915141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.3141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.3688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.5108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3360.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.35
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3220.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.380.525
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2331.5448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6492739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.063310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.7743296
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.277 88
Rwork0.238 1805
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.1717 / Rfactor Rwork: 0.129
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.746
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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