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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gp5 | ||||||
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タイトル | Anthocyanidin synthase from Arabidopsis thaliana complexed with trans-dihydroquercetin | ||||||
要素 | LEUCOANTHOCYANIDIN DIOXYGENASEロイコシアニジンオキシゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DIOXYGENASE / 2-OXOGLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / FLAVONOID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ロイコシアニジンオキシゲナーゼ / proanthocyanidin biosynthetic process / leucocyanidin oxygenase activity / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / response to jasmonic acid / vacuole organization / L-ascorbic acid binding / response to wounding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wilmouth, R.C. / Turnbull, J.J. / Welford, R.W.D. / Clifton, I.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Structure and Mechanism of Anthocyanidin Synthase from Arabidopsis Thaliana. 著者: Wilmouth, R.C. / Turnbull, J.J. / Welford, R.W.D. / Clifton, I.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Chem. Commun. / 年: 2000 タイトル: Are Anthocyanidins the Immediate Products of Anthocyanidin Synthase? 著者: Turnbull, J.J. / Sobey, W.J. / Aplin, R.T. / Hassan, A. / Firmin, J.L. / Schofield, C.J. / Prescott, A.G. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction of Anthocyanidin Synthase from Arabidopsis Thaliana 著者: Turnbull, J.J. / Prescott, A.G. / Schofield, C.J. / Wilmouth, R.C. #3: ジャーナル: Plant J. / 年: 1999 タイトル: Direct Evidence for Anthocyanidin Synthase as a 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase: Molecular Cloning and Functional Expression of Cdna from a Red Forma of Perilla Frutescens 著者: Saito, K. / Kobayashi, M. / Gong, Z. / Tanaka, Y. / Yamazaki, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gp5.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gp5.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gp5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/1gp5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40451.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) プラスミド: PET-24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96323, EC: 1.14.11.19 |
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-非ポリマー , 6種, 216分子
#2: 化合物 | ChemComp-AKG / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DQH / ( | #5: 化合物 | ChemComp-DH2 / ( | #6: 化合物 | ChemComp-FE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 18% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 50 MM MES,200 MM AMMONIUM ACETATE, 2 MM IRON(II) SULPHATE, 10 MM POTASSIUM ALPHA-KETOGLUTARATE, 10 MM SODIUM ASCORBATE, 10 MM DIHYDROQUERCETIN (IN MEOH TO ...詳細: 18% (W/V) PEG 2000 MONOMETHYLETHER, 50 MM MES,200 MM AMMONIUM ACETATE, 2 MM IRON(II) SULPHATE, 10 MM POTASSIUM ALPHA-KETOGLUTARATE, 10 MM SODIUM ASCORBATE, 10 MM DIHYDROQUERCETIN (IN MEOH TO GIVE A FINAL CONC. OF 10%(V/V) MEOH), PH 6.5, ANAEROBIC (AR ATMOSPHERE,< 0.5 PPM OXYGEN) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Turnbull, J.J., (2001) Acta Crystallogr.,Sect.D, D57, 425. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 20932 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 243242 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GP4 解像度: 2.2→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1581903.05 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.6 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.234 |