+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gki | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Plasmid coupling protein TrwB in complex with ADP and Mg2+. | ||||||
![]() | CONJUGAL TRANSFER PROTEIN TRWB | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gomis-Ruth, F.X. / Moncalian, G. / De La cruz, F. / Coll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Bacterial Conjugation Protein Trwb Resembles Ring Helicases and F1-ATPase 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Moncalian, G. / Perez-Luque, R. / Gonzalez, A. / Cabezon, E. / De La Cruz, F. / Coll, M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Conjugative Plasmid Protein Trwb, an Integral Membrane Type Iv Secretion System Coupling Protein: Detailed Structural Features and Mapping of the Active Site Cleft. 著者: Gomis-Ruth, F. / Moncalian, G. / De La Cruz, F. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 496.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 407.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48671.469 Da / 分子数: 6 / 断片: CYTOSOLIC, RESIDUES 71-507 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH ADP AND MG2+. / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ADP / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 構成要素の詳細 | CHAIN A, B, D, E, F, G FIRST 70 RESIDUES DELETED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
---|---|
結晶化![]() | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3→51.3 Å / Num. obs: 67169 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 66.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E9R 解像度: 3→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: FREE RFACTOR USED UNTIL PENULTIMATE REFINEMENT CYCLE. THERE IS NCS IN THE A.U. THE SIX PROTEIN CHAINS (A-G) ARE CHEMICALLY IDENTICAL. SOME N- AND C-TERMINAL RESIDUES ARE DISORDERED AND HAVE NOT BEEN TRACED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|