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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g5b | ||||||
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タイトル | BACTERIOPHAGE LAMBDA SER/THR PROTEIN PHOSPHATASE | ||||||
![]() | SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-serine/threonine phosphatase / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Voegtli, W.C. / White, D.J. / Reiter, N.J. / Rusnak, F. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the bacteriophage lambda Ser/Thr protein phosphatase with sulfate ion bound in two coordination modes. 著者: Voegtli, W.C. / White, D.J. / Reiter, N.J. / Rusnak, F. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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5 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25191.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lambda-like viruses / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P03772, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES, 20% PEG 4000, 350 mM Ammonium Sulfate, 10 mM Manganese(II) Chloride, 50 mM Ammonium Acetate, 20 mM Dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 23K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月4日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 61694 / Num. obs: 61405 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 435477 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.65 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 42.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.268 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.249 |