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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fk9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH DMP-266(EFAVIRENZ) | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HIV-1 reverse transcriptase (逆転写酵素) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / non-nucleoside inhibitor / DMP-266 / Efavirenz (エファビレンツ) / drug design (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / ウイルスのライフサイクル / : / : / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, J. / Milton, J. / Weaver, K.L. / Short, S.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE FOLD.DES. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for the resilience of efavirenz (DMP-266) to drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Ren, J. / Milton, J. / Weaver, K.L. / Short, S.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Binding of the second generattion non-nucleoside inhibitor S-1153 to HIV-1 reverse transcriptase involves extensive main chain hydrogen bonding 著者: Ren, J. / Nichols, C. / Bird, L.E. / Fujiwara, T. / Suginoto, H. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Phenethylthiazolylthiourea (PETT) non-nucleoside inhibitors of HIV-1 and HIV-2 reverse transcriptases: structural and biochemical analyses 著者: Ren, J. / Diprose, J. / Warren, J. / Esnouf, R.M. / Bird, L.E. / Ikemizu, S. / Slater, M. / Milton, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic analysis of the binding modes of non-nucleoside thiazoloisoindolinone inhibitors to HIV-1 reverse transcriptase and comparison with modeling studies 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #4: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Design of MKC-442 (emivirine) analogues with improved activity against drug-resistant HIV mutants 著者: Hopkins, A.L. / Ren, J. / Tanaka, H. / Baba, M. / Okamato, M. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Warren, J. / Balzarini, J. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: 3'-azido-3'-deoxythymidine drug resistance mutations in HIV-1 reverse transcriptase can induce long range conformational changes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Jones, E.Y. / Kirby, I. / Keeling, J. / Ross, C.K. / Larder, B.A. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Continuous and discontinuous changes in the unit cell of HIV-1 reverse transcriptase crystals on dehydration 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Unique features in the structure of the complex between HIV-1 reverse transcriptase and the bis(heteroaryl)piperazine (BHAP) U-90152 explain resistance mutations for this non-nucleoside inhibitor 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #9: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: Complexes of HIV-1 reverse transcriptase with inhibitors of the HEPT series reveal conformational changes relevant to the design of potent non-nucleoside inhibitors 著者: L Hopkins, A. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Willcox, B.E. / Jones, E.Y. / Ross, C.K. / Miyasaka, T. / Walker, R.T. / Tanaka, H. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #10: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with 9-chloro-TIBO: lessons for inhibitor design 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Hopkins, A.L. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / K Stammers, D. / Stuart, D.I. #11: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: High Resolution Structures of HIV-1 RT From Four RT-inhibitor Complexes 著者: Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Keeling, J. / Darby, G. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Stammers, D.K. #12: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Inhibition of HIV-1 Reverse Transcriptase by Non-nucleoside Inhibitors 著者: Esnouf, R.M. / Ren, J. / Ross, C.K. / Jones, E.Y. / Stammers, D.K. / Stuart, D.I. #13: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystals of HIV-1 Reverse Transcriptase Diffracting to 2.2 Angstrom Resolution 著者: Stammers, D.K. / Somers, D.O. / Ross, C.K. / Kirby, I. / Ray, P.H. / Wilson, J.E. / Norman, M. / Ren, J. / Esnouf, R.M. / Garman, E. / Jones, E.Y. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fk9.cif.gz | 198.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fk9.ent.gz | 165 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fk9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fk9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | HIV-1 RT is a heterodimer consisting of a p66 and a p51 subunits, the p51 contains the first 440 residues of the p66. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62783.824 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH DMP-266(EFAVIRENZ) 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51399.047 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 株: HXB2 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-EFZ / (-)- |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: see reference 13, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 詳細: Ren, J., (1998) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 95, 9518. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 31707 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 2.75 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Num. unique all: 2682 / % possible all: 69.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 87374 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.7 % / Num. unique obs: 2682 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3 |