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- PDB-1ffw: CHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY WITH A BOUND IMI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffw
タイトルCHEY-BINDING DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY WITH A BOUND IMIDO DIPHOSPHATE
要素
  • CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA走化性
  • CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY走化性
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / doubly wound (beta/alpha)5 fold / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity ...negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / establishment of localization in cell / 走化性 / リン酸化 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain ...CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Alpha-Beta Plaits / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDO DIPHOSPHATE / Chemotaxis protein CheA / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gouet, P. / Chinardet, N. / Welch, M. / Guillet, V. / Birck, C. / Mourey, L. / Samama, J.-P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Further insights into the mechanism of function of the response regulator CheY from crystallographic studies of the CheY--CheA(124--257) complex.
著者: Gouet, P. / Chinardet, N. / Welch, M. / Guillet, V. / Cabantous, S. / Birck, C. / Mourey, L. / Samama, J.-P.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the CheY-binding domain of histidine kinase CheA in complex with CheY
著者: WELCH, M. / CHINARDET, N. / MOUREY, L. / BIRCK, C. / SAMAMA, J.-P.
履歴
登録2000年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY
B: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
C: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY
D: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2067
ポリマ－56,9214
非ポリマー2853
水2,972165
1
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY
B: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6904
ポリマ－28,4602
非ポリマー2302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY
D: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5153
ポリマ－28,4602
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.300, 53.400, 77.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY / 走化性


分子量: 13981.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI; CELLULAR_LOCATION: CYTOPLASM; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07363, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: タンパク質 CHEMOTAXIS PROTEIN CHEA / 走化性


分子量: 14479.338 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 124-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07363, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-PON / IMIDO DIPHOSPHATE


分子量: 174.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H3NO6P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG MME 5K, 0.1 M MALONIC ACID, 0.1 M MES BUFFER 0.02 M DTT, 0.01 M MANGANESE CHLORIDE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
詳細: Welch, M., (1998) Nature Struct. Biol., 5, 25.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 35121 / Num. obs: 16044 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / % possible all: 88.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 942 RANDOM
Rwork0.213 --
all0.216 15972 -
obs0.216 15972 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 0 11 165 3158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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