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- PDB-1f4s: STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL FACTOR ALCR IN COMPLEX WITH A TARGET DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4s
タイトルSTRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL FACTOR ALCR IN COMPLEX WITH A TARGET DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3')
  • ETHANOL REGULON TRANSCRIPTIONAL FACTOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / ZINC BINUCLEAR CLUSTER PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde catabolic process / threonine catabolic process / ethanol catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / CD2-Gal4 / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Regulatory protein alcR
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Cahuzac, B. / Cerdan, R. / Felenbok, B. / Guittet, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: The solution structure of an AlcR-DNA complex sheds light onto the unique tight and monomeric DNA binding of a Zn(2)Cys(6) protein.
著者: Cahuzac, B. / Cerdan, R. / Felenbok, B. / Guittet, E.
履歴
登録2000年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3')
P: ETHANOL REGULON TRANSCRIPTIONAL FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8025
ポリマ－13,6713
非ポリマー1312
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest energy.
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*AP*TP*C)-3')


分子量: 3061.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ALCR CONSENSUS HALF-TARGET
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3029.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ALCR CONSENSUS HALF-TARGET
#3: タンパク質 ETHANOL REGULON TRANSCRIPTIONAL FACTOR / REGULATORY PROTEIN ALCR


分子量: 7580.351 Da / 分子数: 1 / Mutation: N-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21228
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA

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試料調製

詳細内容: 1 mM AlcR U-15N, 1.1 mM double stranded DNA / 溶媒系: 20 mM phosphate buffer; 90%H2O, 10%D2O; pH 5.9
試料状態pH: 5.9 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1解析
Gifa4Delsuc, M.A.解析
DIANAGntert構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1142 noe-derived constraints, 76 h-bond constraints, 33 phi angle restraints, 118 loose angle restraints on the DNA backbone
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest energy.
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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