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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e8y | ||||||
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タイトル | Structure determinants of phosphoinositide 3-kinase inhibition by wortmannin, LY294002, quercetin, myricetin and staurosporine | ||||||
要素 | PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT | ||||||
キーワード | PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE GAMMA / SECONDARY MESSENGER GENERATION / PI3K (PI3キナーゼ) / PI 3K | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...secretory granule localization / negative regulation of triglyceride catabolic process / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / PI3キナーゼ / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / T細胞 / ephrin receptor binding / positive regulation of endothelial cell migration / 好中球 / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / 血小板 / エンドサイトーシス / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / kinase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 血管新生 / 獲得免疫系 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Wymann, M.P. / Williams, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000 タイトル: Structural Determinations of Phosphoinositide 3-Kinase Inhibition by Wortmannin, Ly294002, Quercetin, Myricetin and Staurosporine 著者: Walker, E.H. / Pacold, M.E. / Perisic, O. / Stephens, L. / Hawkins, P.T. / Whymann, M.P. / Williams, R.L. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structural Insights Into Phosphoinositide 3-Kinase Catalysis and Signalling 著者: Walker, E.H. / Perisic, O. / Ried, C. / Stephens, L. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e8y.cif.gz | 186.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e8y.ent.gz | 144.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 SUBUNIT GAMMA / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PVL1393 / 遺伝子 (発現宿主): H144 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P48736, PI3キナーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE NATIVE PROTEIN WAS MUTATED BY DELETION OF RESIDUES 1-143. A C-TERMINAL 6-HIS TAG WAS ATTACHED ...THE NATIVE PROTEIN WAS MUTATED BY DELETION OF RESIDUES 1-143. A C-TERMINAL 6-HIS TAG WAS ATTACHED AS WAS A N-TERMINAL METHIONINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.25 / 詳細: 19% PEG 4000, 0.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS PH 7.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used hair seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→68.96 Å / Num. obs: 58245 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.02 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 72.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 176129 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QMM 1qmm 解像度: 2→68.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2721990.51 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.6281 Å2 / ksol: 0.360018 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→68.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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