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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dka | ||||||
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タイトル | DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES | ||||||
要素 | 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) | ||||||
キーワード | LYASE(DECARBOXYLASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / L-alanine catabolic process, by transamination / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia cepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Toney, M.D. / Hohenester, E. / Jansonius, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1993 タイトル: Dialkylglycine decarboxylase structure: bifunctional active site and alkali metal sites. 著者: Toney, M.D. / Hohenester, E. / Cowan, S.W. / Jansonius, J.N. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Dialkylglycine Decarboxylase, a Decarboxylating Transaminase 著者: Toney, M.D. / Keller, J.W. / Pauptit, R.A. / Jaeger, J. / Wise, M.K. / Sauder, U. / Jansonius, J.N. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Pseudomonas Cepacia 2,2-Dialkylglycine Decarboxylase: Sequence and Expression in Escherichia Coli of Structural and Repressor Genes 著者: Keller, J.W. / Baurick, K.B. / Rutt, G.C. / O'Malley, M.V. / Sonafrank, N.L. / Reynolds, R.A. / Ebbesson, L.O.E. / Vajdos, F.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dka.cif.gz | 94.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dka.ent.gz | 76 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dka | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE COFACTOR PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP 272) IS COVALENTLY ATTACHED TO LYS 272. | ||||||||
詳細 | DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE IS A TETRAMER OF IDENTICAL SUBUNITS. THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS WILL GENERATE THE OTHER THREE SUBUNITS OF THE TETRAMER WHEN APPLIED TO THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY: MTRIX1 1 -0.500000 0.866010 0.000000 0.00000 MTRIX2 1 0.866041 0.500000 0.000000 0.00000 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 28.86753 MTRIX1 2 0.500000 -0.866010 0.000000 76.34753 MTRIX2 2 -0.866041 -0.500000 0.000000 132.24016 MTRIX3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 28.86753 MTRIX1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 76.34753 MTRIX2 3 0.000000 -1.000000 0.000000 132.24016 MTRIX3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46577.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) |
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-非ポリマー , 5種, 149分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#5: 化合物 | ChemComp-MES / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY CYS 308 SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN ...SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY CYS 308 SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Toney, M.D., (1991) J.Mol.Biol., 222, 873. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 16640 / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.6→8 Å / Rfactor obs: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.009 |