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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1df5 | ||||||
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タイトル | INTERACTIONS BETWEEN HIV-1 GP41 CORE AND DETERGENTS AND THEIR IMPLICATIONS FOR MEMBRANE FUSION | ||||||
要素 | HIV-1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 / GP41 / MEMBRANE FUSION / PROTEIN-DETERGENT INTERACTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Shu, W. / Ji, H. / Lu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Interactions between HIV-1 gp41 core and detergents and their implications for membrane fusion. 著者: Shu, W. / Ji, H. / Lu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1df5.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1df5.ent.gz | 16.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1df5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1df5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1df5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homotrimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7879.753 Da / 分子数: 1 断片: RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 解説: RECOMBINANT GP41 WITH LINKER (SER-GLY-GLY- ARG-GLY-GLY) BETWEEN TWO FRAGMENTS 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04578 |
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構成要素の詳細 | IN THE STRUCTURE, SEQUENCE 1 - 34 IS FROM GP41 RESIDUES 546 - 579 (IN GP160 NUMBERING SYSTEM), 35 - ...IN THE STRUCTURE, SEQUENCE 1 - 34 IS FROM GP41 RESIDUES 546 - 579 (IN GP160 NUMBERING SYSTEM), 35 - 40 IS AN ARTIFICIAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Potassium sodium tartrate, SDS, sodium hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 1859 / Num. obs: 1859 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Num. unique all: 186 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 10354 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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