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万見
- PDB-1dci: DIENOYL-COA ISOMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dci
タイトルDIENOYL-COA ISOMERASE
要素DIENOYL-COA ISOMERASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / DIENOYL-COA ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


delta(3,5)-delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / fatty acid beta-oxidation / ペルオキシソーム / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Modis, Y. / Filppula, S.A. / Novikov, D. / Norledge, B. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of dienoyl-CoA isomerase at 1.5 A resolution reveals the importance of aspartate and glutamate sidechains for catalysis.
著者: Modis, Y. / Filppula, S.A. / Novikov, D.K. / Norledge, B. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1998年2月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIENOYL-COA ISOMERASE
B: DIENOYL-COA ISOMERASE
C: DIENOYL-COA ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,54822
ポリマ－91,2483
非ポリマー1,30019
水17,529973
1
A: DIENOYL-COA ISOMERASE
B: DIENOYL-COA ISOMERASE
C: DIENOYL-COA ISOMERASE
ヘテロ分子

A: DIENOYL-COA ISOMERASE
B: DIENOYL-COA ISOMERASE
C: DIENOYL-COA ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,09744
ポリマ－182,4966
非ポリマー2,60038
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area37960 Å2
ΔGint-321 kcal/mol
Surface area51800 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.543, 131.543, 96.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-18-

MG

21A-353-

HOH

31C-643-

HOH

41C-646-

HOH

51C-649-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.456903, 0.875078, -0.159382), (-0.823899, -0.483866, -0.2949), (-0.33521, -0.003433, 0.942089)127.23271, 152.50018, 37.636
2given(-0.45743, -0.825448, -0.330637), (0.87453, -0.484863, -0.000522), (-0.160751, -0.288916, 0.94371)196.44098, -37.28777, 29.79203

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要素

#1: タンパク質 DIENOYL-COA ISOMERASE / DELTA3 / 5 / DELTA2 / 4-DIENOYL-COENZYME A ISOMERASE / PROBABLE PEROXISOMAL ENOYL-COA HYDRATASE


分子量: 30416.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: WISTAR / 細胞株: BL21
細胞内の位置: PEROXISOME, MITOCHONDRIAペルオキシソーム
器官: LIVER肝臓 / Organelle: PEROXISOME, MITOCHONDRIAペルオキシソーム / プラスミド: PET3A (NOVAGEN) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYSS / 参照: UniProt: Q62651, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 8.75 / 詳細: pH 8.75
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 mg/mlprotein1drop
225 mMpotassium phosphate1drop
3100 mMsodium chloride1drop
41 mMdithiothreitol1drop
51 mMEDTA1drop
61 mMsodium azide1drop
71.75 Mmagnesium sulphate1reservoir
8100 mMTris-hydroxymethyl-amino methane hydrochloride1reservoir
92 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
101 mMdithiothreitol1reservoir
111 mMEDTA1reservoir
121 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9092
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 153741 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 84
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.5→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 7231 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-144296 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.513 Å22.513 Å20 Å2
2--0 Å21.988 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6375 0 72 973 7420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8185
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1834
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.6425
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.6266
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.289
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1060.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1750.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2520.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor35.320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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