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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NAD[P]H-QUINONE OXIDOREDUCTASE AT 1.7 A RESOLUTION | ||||||
要素 | QUINONE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / cellular response to metal ion / NADH oxidation / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADPH oxidation / response to tetrachloromethane / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to hydrogen sulfide / response to alkaloid / response to carbohydrate / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to testosterone / response to amine / superoxide dismutase activity / response to electrical stimulus / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / response to nutrient / cell redox homeostasis / response to hormone / response to ischemia / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / 自然免疫系 / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Faig, M. / Bianchet, M.A. / Chen, S. / Winski, S. / Ross, D. / Amzel, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Structures of recombinant human and mouse NAD(P)H:quinone oxidoreductases: species comparison and structural changes with substrate binding and release. 著者: Faig, M. / Bianchet, M.A. / Talalay, P. / Chen, S. / Winski, S. / Ross, D. / Amzel, L.M. #1: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1999 タイトル: Structure and Mechanism of Cytosolic Quinone Reductase 著者: Bianchet, M.A. / Foster, C. / Faig, M. / Talalay, P. / Amzel, L.M. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Structure of NAD(P)H:quinone Reductase, a Flavoprotein Involved in Cancer Chemoprotection and Chemotherapy: Mechanism of Two-Electron Reduction 著者: Li, R. / Bianchet, M.A. / Talalay, P. / Amzel, L.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal Structure of Human Quinone Reductase type 2, a Metalloprotein 著者: Foster, C. / Bianchet, M.A. / Talalay, P. / Zhao, Q. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d4a.cif.gz | 236.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d4a.ent.gz | 191.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d4a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30776.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, EC: 1.6.99.2 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30 % PEG 3350 200 MM NAACETATE 12-24 MICROM FAD 100MM NA-TRICINE PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→43.44 Å / Num. all: 98473 / Num. obs: 30063 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / % possible all: 24.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 98473 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→43.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1344082.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.23 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.313 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.313 |