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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a4k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the R139W variant of human NAD(P)H:quinone oxidoreductase | ||||||
要素 | NAD(P)H DEHYDROGENASE [QUINONE] 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NQO1 / FAD / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / OXIDATIVE STRESS (酸化ストレス) / QUINONE REDUCTASE / DRUG METABOLISM (薬物代謝) / SINGLE AMINO ACID EXCHANGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / NADH oxidation / cellular response to metal ion / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H ...response to L-glutamine / response to flavonoid / ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / vitamin K metabolic process / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) / NADH oxidation / cellular response to metal ion / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / NADPH oxidation / response to tetrachloromethane / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / response to hydrogen sulfide / response to alkaloid / response to carbohydrate / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / response to testosterone / response to amine / superoxide dismutase activity / response to electrical stimulus / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / removal of superoxide radicals / response to nutrient / cell redox homeostasis / response to hormone / response to ischemia / protein catabolic process / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / 自然免疫系 / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å | ||||||
データ登録者 | Lienhart, W.D. / Strandback, E. / Gudipati, V. / Uhl, M.K. / Rantase, D.M. / Zangger, K. / Gruber, K. / Macheroux, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017 タイトル: Catalytic competence, structure and stability of the cancer-associated R139W variant of the human NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1). 著者: Lienhart, W.D. / Strandback, E. / Gudipati, V. / Koch, K. / Binter, A. / Uhl, M.K. / Rantasa, D.M. / Bourgeois, B. / Madl, T. / Zangger, K. / Gruber, K. / Macheroux, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a4k.cif.gz | 459.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a4k.ent.gz | 378.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a4k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qbgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33107.984 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR 参照: UniProt: P15559, NAD(P)Hデヒドロゲナーゼ (キノン) #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL HIS-TAG AND CLEAVAGE SITE R139W VARIANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 200 MM LI2SO4, 100 MM BISTRIS (PH 6.5), 25% W/V PEG 3350, PROTEIN CONCENTRATION: 6.1 MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 詳細: TOROIDAL FOCUSING |
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→49.03 Å / Num. obs: 67587 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 86.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QBG 解像度: 2.093→49.033 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.093→49.033 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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