[日本語] English
万見
- PDB-1cqx: Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutroph... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cqx
タイトルCrystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution
要素FLAVOHEMOPROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / GLOBIN FOLD (グロビン) / SIX-STRANDED ANTIPARALLEL BETA SHEET / HELIX-FLANKED FIVE-STRANDED PARALLEL BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


一酸化窒素ジオキシゲナーゼ / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / response to nitrosative stress / FAD binding / oxygen carrier activity / response to toxic substance / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Flavohemoprotein / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Globin/Protoglobin / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Βバレル / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGG / フラビンアデニンジヌクレオチド / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Flavohemoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ermler, U. / Siddiqui, R.A. / Cramm, R. / Friedrich, B.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution.
著者: Ermler, U. / Siddiqui, R.A. / Cramm, R. / Friedrich, B.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Phospholipid bound to the flavohemoprotein from alcaligenes eutrophus
著者: Ollesch, G. / Kaunzinger, A. / Juchelka, D. / Schubert-Zsilavecz, M. / Ermler, U.
履歴
登録1999年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FLAVOHEMOPROTEIN
B: FLAVOHEMOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9899
ポリマ－89,6922
非ポリマー4,2977
水10,467581
1
A: FLAVOHEMOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0065
ポリマ－44,8461
非ポリマー2,1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FLAVOHEMOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9834
ポリマ－44,8461
非ポリマー2,1373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.200, 85.800, 103.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 81.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FLAVOHEMOPROTEIN


分子量: 44845.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cupriavidus necator (バクテリア)
キーワード: COMPLEXED WITH HEME, FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE AND PHOSPHO LIPID
参照: UniProt: P39662

-
非ポリマー , 5種, 588分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-DGG / 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL


分子量: 734.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H75O10P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: protein solution: TRIS, potassium chloride, DTT, plus precipitant; precipitant: PEG 3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
20.02 MTris-HCl1drop
30.01 M1dropKCl
42 mMdithiothreitol1drop
514 %PEG33501reservoir
60.2 M1reservoirNaCl
70.05 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 196672 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Num. unique all: 8118 / % possible all: 62.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 1.75→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 29433623.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4066 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs-80753 89.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20.53 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----0.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 283 581 7180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it24.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.252.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 433 5 %
Rwork0.257 8162 -
obs--56.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FAHE.PARAFAHELI.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る