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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ck4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RAT A1B1 INTEGRIN I-DOMAIN. | ||||||
要素 | INTEGRIN ALPHA-1 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / I-DOMAIN / METAL BINDING (金属) / COLLAGEN (コラーゲン) / ADHESION (接着) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Integrin cell surface interactions / Smooth Muscle Contraction / cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / basal part of cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity ...Integrin cell surface interactions / Smooth Muscle Contraction / cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / basal part of cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / collagen binding / cell chemotaxis / 好中球 / cell-matrix adhesion / neuron projection morphogenesis / acrosomal vesicle / integrin-mediated signaling pathway / 細胞接着 / vasodilation / positive regulation of neuron apoptotic process / integrin binding / perikaryon / protein phosphatase binding / positive regulation of MAPK cascade / 細胞接着 / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / 細胞膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nolte, M. / Pepinsky, R.B. / Venyaminov, S.Y. / Koteliansky, V. / Gotwals, P.J. / Karpusas, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the alpha1beta1 integrin I-domain: insights into integrin I-domain function. 著者: Nolte, M. / Pepinsky, R.B. / Venyaminov, S.Y.u. / Koteliansky, V. / Gotwals, P.J. / Karpusas, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ck4.cif.gz | 106.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ck4.ent.gz | 82.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ck4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1aoxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99929, 0.00081, 0.03763), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22118.053 Da / 分子数: 2 / 断片: I-DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): DH5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18614 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 19238 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 77.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AOX 解像度: 2.2→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: FOR CHAIN A, SIDE CHAINS OF RESIDUES 145, 146, 234 ARE ASSIGNED 0.0 OCCUPANCY DUE TO ABSENCE OF ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS. FOR CHAIN B, SIDE CHAINS OF RESIDUES 145, 175, 234 ARE ...詳細: FOR CHAIN A, SIDE CHAINS OF RESIDUES 145, 146, 234 ARE ASSIGNED 0.0 OCCUPANCY DUE TO ABSENCE OF ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS. FOR CHAIN B, SIDE CHAINS OF RESIDUES 145, 175, 234 ARE ASSIGNED 0.0 OCCUPANCY DUE TO ABSENCE OF ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.6 |