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万見
- PDB-1bzl: CRYSTAL STRUCTURE OF TRYPANOSOMA CRUZI TRYPANOTHIONE REDUCTASE IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bzl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRYPANOSOMA CRUZI TRYPANOTHIONE REDUCTASE IN COMPLEX WITH TRYPANOTHIONE, AND THE STRUCTURE-BASED DISCOVERY OF NEW NATURAL PRODUCT INHIBITORS
要素TRYPANOTHIONE REDUCTASE (OXIDIZED FORM)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TRYPANOTHIONE REDUCTASE / FAD DEPENDENT DISULPHIDE OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


トリパノチオンジスルフィドレダクターゼ / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / BIS(GAMMA-GLUTAMYL-CYSTEINYL-GLYCINYL)SPERMIDINE / Trypanothione reductase / N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bond, C.S. / Zhang, Y. / Berriman, M. / Cunningham, M. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi trypanothione reductase in complex with trypanothione, and the structure-based discovery of new natural product inhibitors.
著者: Bond, C.S. / Zhang, Y. / Berriman, M. / Cunningham, M.L. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N.
履歴
登録1998年11月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPANOTHIONE REDUCTASE (OXIDIZED FORM)
B: TRYPANOTHIONE REDUCTASE (OXIDIZED FORM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6336
ポリマ－106,6142
非ポリマー3,0194
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12110 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area36270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.330, 93.330, 157.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.979957, 0.199187, -0.002999), (0.198788, 0.978751, 0.050298), (0.012955, 0.048694, -0.99873)
ベクター: 84.468, -8.439, -0.127)

-
要素

#1: タンパク質 TRYPANOTHIONE REDUCTASE (OXIDIZED FORM) / EC 1.6.4.8 / TR


分子量: 53306.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
株: BRAZILIAN SILVIO STRAIN CLONE X10-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26970, UniProt: P28593*PLUS, EC: 1.6.4.8
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GCG / BIS(GAMMA-GLUTAMYL-CYSTEINYL-GLYCINYL)SPERMIDINE / TRYPANOTHIONE / N1,N8-ビス(グルタチオニル)スペルミジン / Trypanothione


分子量: 723.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H49N9O10S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MALEIC BUFFER11
2PEG 400011
3PEG 400012
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: Zhang, Y., (1993) J. Mol. Biol., 233, 1217.
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 45818 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Rsym value: 0.75 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 86
反射
*PLUS
Num. measured all: 142903

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1TYT

1tyt


解像度: 2.4→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.209 --
obs-45818 87.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7459 0 202 409 8070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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