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- PDB-1bww: BENCE-JONES IMMUNOGLOBULIN REI VARIABLE PORTION, T39K MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bww
タイトルBENCE-JONES IMMUNOGLOBULIN REI VARIABLE PORTION, T39K MUTANT
要素PROTEIN (IG KAPPA CHAIN V-I REGION REI)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / REIV / STABILIZED IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT / BENCE-JONES PROTEIN (ベンス・ジョーンズ蛋白)
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1D-33 / Immunoglobulin kappa variable 1D-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Uson, I. / Pohl, E. / Schneider, T.R. / Dauter, Z. / Schmidt, A. / Fritz, H.J. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: 1.7 A structure of the stabilized REIv mutant T39K. Application of local NCS restraints.
著者: Uson, I. / Pohl, E. / Schneider, T.R. / Dauter, Z. / Schmidt, A. / Fritz, H.J. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録1998年9月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (IG KAPPA CHAIN V-I REGION REI)
B: PROTEIN (IG KAPPA CHAIN V-I REGION REI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9572
ポリマ－23,9572
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.400, 40.100, 43.100
Angle α, β, γ (deg.)66.90, 85.40, 73.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99977, -0.01789, 0.01212), (-0.02119, 0.70176, -0.7121), (0.00424, -0.71219, -0.70198)
ベクター: -2.00585, 0.55889, 1.45528)

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要素

#1: 抗体 PROTEIN (IG KAPPA CHAIN V-I REGION REI)


分子量: 11978.282 Da / 分子数: 2 / 断片: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN / 変異: T39K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: ANTIBODY / 参照: UniProt: P01607, UniProt: P01593*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG 8000, 100 MM HEPES PH7 10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM PHOSPHATE PH7, pH 7.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
225 mMpotassium phosphate1drop
310 %PEG80001drop
450 mMHEPES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月15日 / 詳細: BENT CRYSTAL
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45 Å / Num. obs: 22266 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 0.95 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.1 % / 冗長度: 1.8 % / Num. unique obs: 2104

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REI WILDTYPE 1REI

1rei


解像度: 1.7→45 Å / Num. parameters: 7201 / Num. restraintsaints: 9275 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56 B23 (A**2) : ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR. THE STRUCTURE WAS REFINED USING LOCAL NCS RESTRAINTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1113 5 %RANDOM
all0.1824 22266 --
obs0.1811 -96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 1640 / Occupancy sum non hydrogen: 1778
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 0 92 1796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.098
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å / Num. reflection obs: 16351 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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