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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bpe | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA; EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM | ||||||
要素 | DNA POLYMERASE BETA | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / 塩基除去修復 / spindle microtubule / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / 微小管 / in utero embryonic development / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / 炎症 / apoptotic process / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of rat DNA polymerase beta: evidence for a common polymerase mechanism. 著者: Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: Structures of Ternary Complexes of Rat DNA Polymerase Beta, a DNA Template-Primer, and ddCTP 著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Wilson, S.H. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bpe.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bpe.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/1bpe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA 73 - ALA 74 OMEGA = 121.73 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: GLY 274 - SER 275 OMEGA = 0.24 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38417.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P06766, DNAポリメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-DTP / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.9 Å / Num. obs: 4069 / Num. measured all: 12400 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.9 Å / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |