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- PDB-1bi7: MECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bi7
タイトルMECHANISM OF G1 CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITION FROM THE STRUCTURE OF THE CDK6-P16INK4A TUMOR SUPPRESSOR COMPLEX
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6サイクリン依存性キナーゼ6
  • MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードCOMPLEX (KINASE/ANTI-ONCOGENE) / CYCLIN DEPENDENT KINASE (サイクリン依存性キナーゼ) / CYCLIN DEPENDENT KINASE INHIBITORY PROTEIN / CDK / INK4 / CELL CYCLE (細胞周期) / MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR / MTS1 / COMPLEX (KINASE-ANTI-ONCOGENE) / COMPLEX (KINASE-ANTI-ONCOGENE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


senescence-associated heterochromatin focus / positive regulation of macrophage apoptotic process / cyclin D2-CDK6 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding ...senescence-associated heterochromatin focus / positive regulation of macrophage apoptotic process / cyclin D2-CDK6 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / cell dedifferentiation / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / gliogenesis / regulation of cell motility / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of cell cycle / Transcriptional Regulation by VENTX / NF-kappaB binding / ヘイフリック限界 / hematopoietic stem cell differentiation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / negative regulation of osteoblast differentiation / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Notchシグナリング / ruffle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / : / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 / negative regulation of epithelial cell proliferation / 細胞老化 / positive regulation of fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / Oxidative Stress Induced Senescence / Ras protein signal transduction / regulation of cell cycle / 細胞周期 / negative regulation of cell population proliferation / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
サイクリン依存性キナーゼ6 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...サイクリン依存性キナーゼ6 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A / サイクリン依存性キナーゼ6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Russo, A.A. / Tong, L. / Lee, J.O. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Structural basis for inhibition of the cyclin-dependent kinase Cdk6 by the tumour suppressor p16INK4a.
著者: Russo, A.A. / Tong, L. / Lee, J.O. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1998年6月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5432
ポリマ－53,5432
非ポリマー00
水0
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0864
ポリマ－107,0864
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)123.100, 123.100, 112.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 / サイクリン依存性キナーゼ6 / CDK6


分子量: 36987.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SPODOPTERA FRUGIPERDA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HI5
参照: UniProt: Q00534, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 MULTIPLE TUMOR SUPPRESSOR / P16INK4A / MTS1


分子量: 16555.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SPODOPTERA FRUGIPERDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: P42771

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 %isopropanol1reservoir
240 mMHEPES-Na1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器検出器: CCD / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 12443 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 68633 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 多波長異常分散
解像度: 3.4→10 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 562 4.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 11109 94.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3311 0 0 0 3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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