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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b78 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE-BASED IDENTIFICATION OF THE BIOCHEMICAL FUNCTION OF A HYPOTHETICAL PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII:MJ0226 | ||||||
要素 | PYROPHOSPHATASE | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PYROPHOSPHATASE / HYPERTHERMAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding ...XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hwang, K.Y. / Chung, J.H. / Han, Y.S. / Kim, S.H. / Cho, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure-based identification of a novel NTPase from Methanococcus jannaschii. 著者: Hwang, K.Y. / Chung, J.H. / Kim, S.H. / Han, Y.S. / Cho, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b78.cif.gz | 89.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b78.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b78.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b78 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22232.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 参照: UniProt: Q57679 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.542 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23663 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 5.5 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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