ソフトウェア 名称 バージョン 分類 X-PLOR3.851 精密化 SCALEPACKデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error : 0.004 / Data cutoff high absF : 10000000 / Data cutoff low absF : 0.001 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 詳細 : BULK SOLVENT MODEL USEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.263 3604 9.9 % RANDOM Rwork 0.212 - - - obs 0.212 36351 97 % -
原子変位パラメータ Biso mean : 27.1 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.36 Å 0.29 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.37 Å 0.32 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.5→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6218 0 162 184 6564
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.008 X-RAY DIFFRACTION x_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION x_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION x_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.4 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION x_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d23.1 X-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d1.21 X-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_mcbond_it1.61 1.5 X-RAY DIFFRACTION x_mcangle_it2.72 2 X-RAY DIFFRACTION x_scbond_it2.59 2 X-RAY DIFFRACTION x_scangle_it3.9 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error : 0.016 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.351 500 9.2 % Rwork 0.292 4940 - obs - - 86.9 %
Xplor file Serial no : 1 / Param file : PARHCSDX.PRO / Topol file : TOPHCSDX.PROソフトウェア *PLUS
名称 : X-PLOR / バージョン : 3.851 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
σ(F) : 0 / % reflection Rfree : 9.9 %溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 27.1 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.4 X-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_deg23.1 X-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_deg1.21 X-RAY DIFFRACTION x_mcbond_it1.5 X-RAY DIFFRACTION x_scbond_it2 X-RAY DIFFRACTION x_mcangle_it2 X-RAY DIFFRACTION x_scangle_it2.5
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.351 / % reflection Rfree : 9.2 % / Rfactor Rwork : 0.292