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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b4v | ||||||
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タイトル | CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES | ||||||
要素 | PROTEIN (CHOLESTEROL OXIDASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / STEROID METABOLISM (ステロイド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コレステロールオキシダーゼ / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vrielink, A. / Yue, Q.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal structure determination of cholesterol oxidase from Streptomyces and structural characterization of key active site mutants. 著者: Yue, Q.K. / Kass, I.J. / Sampson, N.S. / Vrielink, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b4v.cif.gz | 127.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b4v.ent.gz | 94.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54969.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FAD COFACTOR NON-COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) 参照: UniProt: P12676, コレステロールオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES SP FOUND IN THE SEQUENCE DATA BASE IS A ...THE SEQUENCE OF CHOLESTERO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PRECIPITANT CONDITIONS: 10- 12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 115 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→22.3 Å / Num. obs: 62747 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 0.31 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 30.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 402969 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3COX 解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 12.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % reflection Rfree: 10.1 % |