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Yorodumi- PDB-4u2t: Cholesterol oxidase in the oxidised state complexed with isopropanol -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u2t | ||||||
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Title | Cholesterol oxidase in the oxidised state complexed with isopropanol | ||||||
Components | Cholesterol oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ISOMERASE / cholesterol oxidase / flavoenzymes / redox chemistry | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.223 Å | ||||||
Authors | Golden, E.A. / Vrielink, A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2014 Title: High-resolution structures of cholesterol oxidase in the reduced state provide insights into redox stabilization. Authors: Golden, E. / Karton, A. / Vrielink, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4u2t.cif.gz | 321.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4u2t.ent.gz | 262.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4u2t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4u2lC 4u2sC 1mxtS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55798.543 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. (bacteria) / Strain: SA-COO / Gene: choA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P12676, cholesterol oxidase, steroid Delta-isomerase |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-FAD / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 8000, manganese sulfate, cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9658 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 26, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9658 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.223→61.316 Å / Num. all: 132630 / Num. obs: 132630 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 7.207 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 526499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MXT Resolution: 1.223→19.214 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.16 Å2 / Biso mean: 15.4351 Å2 / Biso min: 5.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.223→19.214 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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