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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b3o | ||||||
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タイトル | TERNARY COMPLEX OF HUMAN TYPE-II INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE WITH 6-CL-IMP AND SELENAZOLE ADENINE DINUCLEOTIDE | ||||||
要素 | PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2) | ||||||
キーワード | DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / IMPD / IMPDH / GUANINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 ...'de novo' XMP biosynthetic process / lymphocyte proliferation / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / 概日リズム / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Colby, T.D. / Vanderveen, K. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of human type II inosine monophosphate dehydrogenase: implications for ligand binding and drug design. 著者: Colby, T.D. / Vanderveen, K. / Strickler, M.D. / Markham, G.D. / Goldstein, B.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b3o.cif.gz | 154.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b3o.ent.gz | 119.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b3o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.371142, 0.928575, -0.001499), ベクター: 詳細 | THE BIOLOGICAL UNIT IS A HOMOTETRAMER. IT IS GENERATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC FOURFOLD OPERATION ON MONOMER A (OR MONOMER B), NOT BY A SINGLE OPERATION ON BOTH. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55874.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Variant: TYPE II ISOZYME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12268, IMPデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-UNX / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: SEE PRIMARY REFERENCE , pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91 |
検出器 | タイプ: CORNELL / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 34001 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 56 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 126775 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CORE DOMAIN OF IMPDH MONOMER FROM HAMSTER IMPD/IMP/MPA COMPLEX STRUCTURE 解像度: 2.9→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 182886.58 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED MONOMER B IS THE MORE COMPLETE MONOMER IN THE ASYMMETRIC UNIT, WITH 410 OF 514 RESIDUES FITTED.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å |