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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b12 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR | ||||||
要素 | SIGNAL PEPTIDASE I | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) / SERINE-DEPENDANT HYDROLASE / SIGNAL PEPTIDE PROCESSING / PROTEIN TRANSLOCATION / MEMBRANE BOUND PROTEINASE / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signal peptidase I / signal peptide processing / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Paetzel, M. / Dalbey, R. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of a bacterial signal peptidase in complex with a beta-lactam inhibitor. 著者: Paetzel, M. / Dalbey, R.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b12.cif.gz | 197 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b12.ent.gz | 158.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b12 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.96526, -0.06489, -0.25311), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27835.465 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 遺伝子: LEPB / プラスミド: PET 3B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): LEPB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00803, signal peptidase I #2: 化合物 | ChemComp-1PN / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 88159 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 391951 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→19.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 2890271.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.91 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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