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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a9v | ||||||
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タイトル | TERTIARY STRUCTURE OF THE MAJOR HOUSE DUST MITE ALLERGEN DER P 2, NMR, 10 STRUCTURES | ||||||
要素 | MITE ALLERGEN DER P 2 | ||||||
キーワード | ALLERGEN (アレルゲン) / IMMUNOGLOBULIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular cholesterol transport / cholesterol efflux / cholesterol binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEAL | ||||||
データ登録者 | Mueller, G.A. / Benjamin, D.C. / Rule, G.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Tertiary structure of the major house dust mite allergen Der p 2: sequential and structural homologies. 著者: Mueller, G.A. / Benjamin, D.C. / Rule, G.S. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: Expression and Secondary Structure Determination by NMR Methods of the Major House Dust Mite Allergen Der P 2 著者: Mueller, G.A. / Smith, A.M. / Williams Junior, D.C. / Hakkaart, G.A. / Aalberse, R.C. / Chapman, M.D. / Rule, G.S. / Benjamin, D.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a9v.cif.gz | 388 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a9v.ent.gz | 332.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/1a9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/1a9v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14114.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D1S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D1S MUTANT MADE TO ENHANCE N-TERMINAL MET REMOVAL 由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ヒョウヒダニ) 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (PLYSE) / 参照: UniProt: P49278 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING DOUBLE LABELED MATERIAL AND TRIPLE RESONANCE METHODS |
-試料調製
詳細 | 内容: 90 H2O/10 D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50 mM NACL 100 mM K2SO4 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEAL / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CONVENTIONAL | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |