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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 10mh | ||||||
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タイトル | TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH ADOHCY AND HEMIMETHYLATED DNA CONTAINING 5,6-DIHYDRO-5-AZACYTOSINE AT THE TARGET | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / RESTRICTION SYSTEM / COMPLEX (METHYLTRANSFERASE- DNA) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus haemolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Sheikhnejad, G. / Brank, A. / Christman, J.K. / Goddard, A. / Alvarez, E. / Ford Junior, H. / Marquez, V.E. / Marasco, C.J. / Sufrin, J.R. / O'Gara, M. / Cheng, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Mechanism of inhibition of DNA (cytosine C5)-methyltransferases by oligodeoxyribonucleotides containing 5,6-dihydro-5-azacytosine. 著者: Sheikhnejad, G. / Brank, A. / Christman, J.K. / Goddard, A. / Alvarez, E. / Ford Jr., H. / Marquez, V.E. / Marasco, C.J. / Sufrin, J.R. / O'gara, M. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 10mh.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb10mh.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 10mh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0m/10mh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/0m/10mh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5mhtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3637.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3704.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 37042.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus haemolyticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05102, EC: 2.1.1.73 |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.03 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 10% (W/V) PEG 8000 50 MM CALCIUM ACETATE 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.15 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 15976 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 3.23 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / % possible all: 50.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51683 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: PDB ENTRY 5MHT 解像度: 2.55→29.3 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.67 Å / Total num. of bins used: 8 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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