+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42742 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Constituent EM map: Focused refinement BSol2 of the Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R420W in the open state in the presence of calcium | |||||||||
マップデータ | Constituent EM map: Focused refinement BSol2 of the Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R420W in the open state in the presence of calcium | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | calcium channel (カルシウムチャネル) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Miotto MC / Marks AR | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for ryanodine receptor type 2 leak in heart failure and arrhythmogenic disorders 著者: Miotto MC | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42742.map.gz | 243.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-42742-v30.xml emd-42742.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_42742.png | 7.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42742.cif.gz | 4.4 KB | ||
その他 | emd_42742_half_map_1.map.gz emd_42742_half_map_2.map.gz | 473.6 MB 473.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42742 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42742 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Constituent EM map: Focused refinement BSol2 of the Structure of PKA phosphorylated human RyR2-R420W in the open state in the presence of calcium | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42742_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42742_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of RyR2-R420W and Calstabin-2
全体 | 名称: Complex of RyR2-R420W and Calstabin-2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of RyR2-R420W and Calstabin-2
超分子 | 名称: Complex of RyR2-R420W and Calstabin-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|
-超分子 #2: Ryanodine Receptor 2
超分子 | 名称: Ryanodine Receptor 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Peptidyl- cis-trans isomerase FKBP1B
超分子 | 名称: Peptidyl- cis-trans isomerase FKBP1B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| |||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab initio |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 597792 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
---|