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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33962 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human SGLT1-MAP17 complex bound with substrate 4D4FDG in the occluded conformation | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | glucose transporter (グルコーストランスポーター) / SGLT / sodium glucose transporter / membrane protein (膜タンパク質) / PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / fucose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / myo-inositol transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport ...myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / fucose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / myo-inositol transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport / intestinal D-glucose absorption / galactose transmembrane transporter activity / alpha-glucoside transport / glucose:sodium symporter activity / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / galactose transmembrane transport / glucose transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane / glucose transmembrane transport / transepithelial water transport / intracellular organelle / sodium ion import across plasma membrane / intracellular vesicle / sodium ion transport / transport across blood-brain barrier / : / brush border membrane / エンドソーム / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Niu Y / Cui W | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structures of human SGLT in the occluded state reveal conformational changes during sugar transport. 著者: Wenhao Cui / Yange Niu / Zejian Sun / Rui Liu / Lei Chen / 要旨: Sodium-Glucose Cotransporters (SGLT) mediate the uphill uptake of extracellular sugars and play fundamental roles in sugar metabolism. Although their structures in inward-open and outward-open ...Sodium-Glucose Cotransporters (SGLT) mediate the uphill uptake of extracellular sugars and play fundamental roles in sugar metabolism. Although their structures in inward-open and outward-open conformations are emerging from structural studies, the trajectory of how SGLTs transit from the outward-facing to the inward-facing conformation remains unknown. Here, we present the cryo-EM structures of human SGLT1 and SGLT2 in the substrate-bound state. Both structures show an occluded conformation, with not only the extracellular gate but also the intracellular gate tightly sealed. The sugar substrate are caged inside a cavity surrounded by TM1, TM2, TM3, TM6, TM7, and TM10. Further structural analysis reveals the conformational changes associated with the binding and release of substrates. These structures fill a gap in our understanding of the structural mechanisms of SGLT transporters. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33962.map.gz | 49.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33962-v30.xml emd-33962.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33962.png | 67.2 KB | ||
マスクデータ | emd_33962_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33962.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_33962_additional_1.map.gz emd_33962_half_map_1.map.gz emd_33962_half_map_2.map.gz | 25.9 MB 48.8 MB 48.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33962 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33962 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33962_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33962_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33962_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33962_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SGLT1-MAP17 complex
全体 | 名称: human SGLT1-MAP17 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human SGLT1-MAP17 complex
超分子 | 名称: human SGLT1-MAP17 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium/glucose cotransporter 1
分子 | 名称: Sodium/glucose cotransporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.557703 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF ...文字列: MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF INLALGLNLY LAIFLLLAIT ALYTITGGLA AVIYTDTLQT VIMLVGSLIL TGFAFHEVGG YDAFMEKYMK AI PTIVSDG NTTFQEKCYT PRADSFHIFR DPLTGDLPWP GFIFGMSILT LWYWCTDQVI VQRCLSAKNM SHVKGGCILC GYL KLMPMF IMVMPGMISR ILYTEKIACV VPSECEKYCG TKVGCTNIAY PTLVVELMPN GLRGLMLSVM LASLMSSLTS IFNS ASTLF TMDIYAKVRK RASEKELMIA GRLFILVLIG ISIAWVPIVQ SAQSGQLFDY IQSITSYLGP PIAAVFLLAI FWKRV NEPG AFWGLILGLL IGISRMITEF AYGTGSCMEP SNCPTIICGV HYLYFAIILF AISFITIVVI SLLTKPIPDV HLYRLC WSL RNSKEERIDL DAEEENIQEG PKETIEIETQ VPEKKKGIFR RAYDLFCGLE QHGAPKMTEE EEKAMKMKMT DTSEKPL WR TVLNVNGIIL VTVAVFCHAY FA UniProtKB: Sodium/glucose cotransporter 1 |
-分子 #2: PDZK1-interacting protein 1
分子 | 名称: PDZK1-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.235 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSALSLLILG LLTAVPPASC QQGLGNLQPW MQGLIAVAVF LVLVAIAFAV NHFWCQEEPE PAHMILTVGN KADGVLVGTD GRYSSMAAS FRSSEHENAY ENVPEEEGKV RSTPM UniProtKB: PDZK1-interacting protein 1 |
-分子 #3: (2R,3R,4R,5S,6R)-5-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4-triol
分子 | 名称: (2R,3R,4R,5S,6R)-5-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4-triol タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: KQC |
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分子量 | 理論値: 182.147 Da |
Chemical component information | ChemComp-KQC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) / 使用した粒子像数: 444691 |