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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32336 | |||||||||
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タイトル | Structure of a human glycosylphosphatidylinositol (GPI) transamidase | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 加水分解酵素 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 加水分解酵素 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding / neuron differentiation / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / 中心体 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang H / Su J / Li B / Gao Y / Zhang XC / Zhao Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure of human glycosylphosphatidylinositol transamidase. 著者: Hongwei Zhang / Jiawei Su / Bin Li / Yiwei Gao / Mengran Liu / Lingli He / Hao Xu / Yanli Dong / Xuejun Cai Zhang / Yan Zhao / 要旨: Glycosylphosphatidylinositol (GPI) molecules are complex glycophospholipids and serve as membrane anchors for tethering many proteins to the cell surface. Attaching GPI to the protein in the ...Glycosylphosphatidylinositol (GPI) molecules are complex glycophospholipids and serve as membrane anchors for tethering many proteins to the cell surface. Attaching GPI to the protein in the endoplasmic reticulum (ER) is catalyzed by the transmembrane GPI transamidase (GPIT) complex, which is essential for maturation of the GPI-anchored proteins. The GPIT complex is known to be composed of five subunits: PIGK, PIGU, PIGT, PIGS and GPAA1. Here, we determined the structure of the human GPIT complex at a resolution of 3.1 Å using single-particle cryo-EM, elucidating its overall assembly. The PIGK subunit functions as the catalytic component, in which we identified a C206-H164-N58 triad that is critical for the transamination reaction. Transmembrane helices constitute a widely opened cleft, which is located underneath PIGK, serving as a GPI substrate-binding site. The ubiquitin E3 ligase RNF121 is visualized at the back of the complex and probably serves as a quality control factor for the GPIT complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32336.map.gz | 13.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32336-v30.xml emd-32336.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32336.png | 172.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human glycosylphosphatidylinositol transamidase
全体 | 名称: Human glycosylphosphatidylinositol transamidase |
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要素 |
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-超分子 #1: Human glycosylphosphatidylinositol transamidase
超分子 | 名称: Human glycosylphosphatidylinositol transamidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
分子 | 名称: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48.448422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAPLVLVLV VAVTVRAALF RSSLAEFISE RVEVVSPLSS WKRVVEGLSL LDLGVSPYSG AVFHETPLII YLFHFLIDYA ELVFMITDA LTAIALYFAI QDFNKVVFKK QKLLLELDQY APDVAELIRT PMEMRYIPLK VALFYLLNPY TILSCVAKST C AINNTLIA ...文字列: MAAPLVLVLV VAVTVRAALF RSSLAEFISE RVEVVSPLSS WKRVVEGLSL LDLGVSPYSG AVFHETPLII YLFHFLIDYA ELVFMITDA LTAIALYFAI QDFNKVVFKK QKLLLELDQY APDVAELIRT PMEMRYIPLK VALFYLLNPY TILSCVAKST C AINNTLIA FFILTTIKGS AFLSAIFLAL ATYQSLYPLT LFVPGLLYLL QRQYIPVKMK SKAFWIFSWE YAMMYVGSLV VI ICLSFFL LSSWDFIPAV YGFILSVPDL TPNIGLFWYF FAEMFEHFSL FFVCVFQINV FFYTIPLAIK LKEHPIFFMF IQI AVIAIF KSYPTVGDVA LYMAFFPVWN HLYRFLRNIF VLTCIIIVCS LLFPVLWHLW IYAGSANSNF FYAITLTFNV GQIL LISDY FYAFLRREYY LTHGL |
-分子 #2: GPI transamidase component PIG-S
分子 | 名称: GPI transamidase component PIG-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 59.09782 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AATHLEVARG KRAALFFAAV AIVLGLPLWW KTTETYRASL PYSQISGLNA LQLRLMVPVT VVFTRESVPL DDQAKLPFTV VHEREIPLK YKMKIKCRFQ KAYRRALDHE EEALSSGSVQ EAEAMLDEPQ EQAEGSLTVY VISEHSSLLP QDMASYIGPK R TAVVRGIM ...文字列: AATHLEVARG KRAALFFAAV AIVLGLPLWW KTTETYRASL PYSQISGLNA LQLRLMVPVT VVFTRESVPL DDQAKLPFTV VHEREIPLK YKMKIKCRFQ KAYRRALDHE EEALSSGSVQ EAEAMLDEPQ EQAEGSLTVY VISEHSSLLP QDMASYIGPK R TAVVRGIM HREAFNIIGR RIVQVAQAMS LTEDVLAAAL ADHLPEDKWS AEKRRPLKSS LGYEITFSLL NPDPKSHDVY WD IEGAVRR YVQPFLNALG AAGNFSVDSQ ILYYAMLGVN PRFDSASSSY YLDMHSLPHV INPVESRLGS SAASLYPVLN FLL YVPELA HSPLYIQDKD GAPVATNAFH SPRWGGIMVY NVDSKTYNAS VLPVRVEVDM VRVMEVFLAQ LRLLFGIAQP QLPP KCLLS GPTSEGLMTW ELDRLLWARS VENLATATTT LTSLAQLLGK ISNIVIKDDV ASEVYKAVAA VQKSAEELAS AHLAS AFVA SQEAVTSSEL AFFDASLLHL LYFPDDQKFA IYIPLFLPMA VPILLSLVK |
-分子 #3: GPI transamidase component PIG-T
分子 | 名称: GPI transamidase component PIG-T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.397691 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ARDSLREELV ITPLPSGDVA ATFQFRTRWD SELQREGVSH YRLFPKALGQ LISKYSLREL HLSFTQGFWR TRYWGPPFLQ APSGAELWV WFQDTVTDVD KSWKELSNVL SGIFCASLNF IDSTNTVTPT ASFKPLGLAN DTDHYFLRYA VLPREVVCTE N LTPWKKLL ...文字列: ARDSLREELV ITPLPSGDVA ATFQFRTRWD SELQREGVSH YRLFPKALGQ LISKYSLREL HLSFTQGFWR TRYWGPPFLQ APSGAELWV WFQDTVTDVD KSWKELSNVL SGIFCASLNF IDSTNTVTPT ASFKPLGLAN DTDHYFLRYA VLPREVVCTE N LTPWKKLL PCSSKAGLSV LLKADRLFHT SYHSQAVHIR PVCRNARCTS ISWELRQTLS VVFDAFITGQ GKKDWSLFRM FS RTLTEPC PLASESRVYV DITTYNQDNE TLEVHPPPTT TYQDVILGTR KTYAIYDLLD TAMINNSRNL NIQLKWKRPP ENE APPVPF LHAQRYVSGY GLQKGELSTL LYNTHPYRAF PVLLLDTVPW YLRLYVHTLT ITSKGKENKP SYIHYQPAQD RLQP HLLEM LIQLPANSVT KVSIQFERAL LKWTEYTPDP NHGFYVSPSV LSALVPSMVA AKPVDWEESP LFNSLFPVSD GSNYF VRLY TEPLLVNLPT PDFSMPYNVI CLTCTVVAVC YGSFYNLLTR TFH |
-分子 #4: GPI-anchor transamidase
分子 | 名称: GPI-anchor transamidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.302629 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAVTDSLSRA ATVLATVLLL SFGSVAASHI EDQAEQFFRS GHTNNWAVLV CTSRFWFNYR HVANTLSVYR SVKRLGIPDS HIVLMLADD MACNPRNPKP ATVFSHKNME LNVYGDDVEV DYRSYEVTVE NFLRVLTGRI PPSTPRSKRL LSDDRSNILI Y MTGHGGNG ...文字列: MAVTDSLSRA ATVLATVLLL SFGSVAASHI EDQAEQFFRS GHTNNWAVLV CTSRFWFNYR HVANTLSVYR SVKRLGIPDS HIVLMLADD MACNPRNPKP ATVFSHKNME LNVYGDDVEV DYRSYEVTVE NFLRVLTGRI PPSTPRSKRL LSDDRSNILI Y MTGHGGNG FLKFQDSEEI TNIELADAFE QMWQKRRYNE LLFIIDTCQG ASMYERFYSP NIMALASSQV GEDSLSHQPD PA IGVHLMD RYTFYVLEFL EEINPASQTN MNDLFQVCPK SLCVSTPGHR TDLFQRDPKN VLITDFFGSV RKVEITTETI KLQ QDSEIM ESSYKEDQMD EKLMEPLKYA EQLPVAQIIH QKPKLKDWHP PGGFILGLWA LIIMVFFKTY GIKHMKFIF |
-分子 #5: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein
分子 | 名称: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.683836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGLLSDPVRR RALARLVLRL NAPLCVLSYV AGIAWFLALV FPPLTQRTYM SENAMGSTMV EEQFAGGDRA RAFARDFAAH RKKSGALPV AWLERTMRSV GLEVYTQSFS RKLPFPDETH ERYMVSGTNV YGILRAPRAA STESLVLTVP CGSDSTNSQA V GLLLALAA ...文字列: MGLLSDPVRR RALARLVLRL NAPLCVLSYV AGIAWFLALV FPPLTQRTYM SENAMGSTMV EEQFAGGDRA RAFARDFAAH RKKSGALPV AWLERTMRSV GLEVYTQSFS RKLPFPDETH ERYMVSGTNV YGILRAPRAA STESLVLTVP CGSDSTNSQA V GLLLALAA HFRGQIYWAK DIVFLVTEHD LLGTEAWLEA YHDVNVTGMQ SSPLQGRAGA IQAAVALELS SDVVTSLDVA VE GLNGQLP NLDLLNLFQT FCQKGGLLCT LQGKLQPEDW TSLDGPLQGL QTLLLMVLRQ ASGRPHGSHG LFLRYRVEAL TLR GINSFR QYKYDLVAVG KALEGMFRKL NHLLERLHQS FFLYLLPGLS RFVSIGLYMP AVGFLLLVLG LKALELWMQL HEAG MGLEE PGGAPGPSVP LPPSQGVGLA SLVAPLLISQ AMGLALYVLP VLGQHVATQH FPVAEAEAVV LTLLAIYAAG LALPH NTHR VVSTQAPDRG WMALKLVALI YLALQLGCIA LTNFSLGFLL ATTMVPTAAL AKPHGPRTLY AALLVLTSPA ATLLGS LFL WRELQEAPLS LAEGWQLFLA ALAQGVLEHH TYGALLFPLL SLGLYPCWLL FWNVLFWK |
-分子 #7: [2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidany...
分子 | 名称: [2-[[(2~{R})-2-hexanoyloxy-3-[(~{E})-hex-3-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)phenyl] (2~{E},4~{E})-hepta-2,4-dienoate タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 8JY |
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分子量 | 理論値: 622.639 Da |
Chemical component information | ChemComp-8JY: |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #9: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 22.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 12.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61148 |