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- EMDB-17789: Structure of tissue-specific lipid scramblase ATG9B homotrimer, r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17789
タイトルStructure of tissue-specific lipid scramblase ATG9B homotrimer, refined with C3 symmetry applied
マップデータATG9B C3 map
試料
  • 複合体: Homotrimer of ATG9B
    • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 9B
キーワードmembrane protein (膜タンパク質) / lipid scramblase / autophagy (オートファジー) / phagopore / lipid transporter / Atg9 / Atg9B / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / phagophore assembly site / bone morphogenesis / オートファジー / autophagosome assembly / オートファゴソーム ...phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / phagophore assembly site / bone morphogenesis / オートファジー / autophagosome assembly / オートファゴソーム / ゴルジ体 / recycling endosome membrane / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 9 / Autophagy protein ATG9
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 9B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Chiduza GN / Pye VE / Tooze SA / Cherepanov P
資金援助 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKCC2134, CC2058 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2134, CC2058 英国
Wellcome TrustCC2134, CC2058 英国
European Research Council (ERC)788708European Union
The Francis Crick InstituteCC2134, CC2058 英国
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2024
タイトル: ATG9B is a tissue-specific homotrimeric lipid scramblase that can compensate for ATG9A.
著者: George N Chiduza / Acely Garza-Garcia / Eugenia Almacellas / Stefano De Tito / Valerie E Pye / Alexander R van Vliet / Peter Cherepanov / Sharon A Tooze /
要旨: Macroautophagy/autophagy is a fundamental aspect of eukaryotic biology, and the autophay-related protein ATG9A is part of the core machinery facilitating this process. In addition to ATG9A ...Macroautophagy/autophagy is a fundamental aspect of eukaryotic biology, and the autophay-related protein ATG9A is part of the core machinery facilitating this process. In addition to ATG9A vertebrates encode ATG9B, a poorly characterized paralog expressed in a subset of tissues. Herein, we characterize the structure of human ATG9B revealing the conserved homotrimeric quaternary structure and explore the conformational dynamics of the protein. Consistent with the experimental structure and computational chemistry, we establish that ATG9B is a functional lipid scramblase. We show that ATG9B can compensate for the absence of ATG9A in starvation-induced autophagy displaying similar subcellular trafficking and steady-state localization. Finally, we demonstrate that ATG9B can form a heteromeric complex with ATG2A. By establishing the molecular structure and function of ATG9B, our results inform the exploration of niche roles for autophagy machinery in more complex eukaryotes and reveal insights relevant across species. ATG: autophagy related; CHS: cholesteryl hemisuccinate; cryo-EM: single-particle cryogenic electron microscopy; CTF: contrast transfer function: CTH: C- terminal α helix; FSC: fourier shell correlation; HDIR: HORMA domain interacting region; LMNG: lauryl maltose neopentyl glycol; MD: molecular dynamics simulations; MSA: multiple sequence alignment; NBD-PE: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-(7-nitro-2-1,3-benzoxadiazol-4-yl ammonium salt); POPC: palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine; RBG: repeating beta groove domain; RMSD: root mean square deviation; SEC: size-exclusion chromatography; TMH: transmembrane helix.
履歴
登録2023年7月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ATG9B C3 map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-2.8552566 - 3.9496748
平均 (標準偏差)0.0038131839 (±0.07623518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17789_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: ATG9B C3 DeepEMhancer map

ファイルemd_17789_additional_1.map
注釈ATG9B C3 DeepEMhancer map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ATG9B C3 half map 2

ファイルemd_17789_half_map_1.map
注釈ATG9B C3 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ATG9B C3 half map 1

ファイルemd_17789_half_map_2.map
注釈ATG9B C3 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotrimer of ATG9B

全体名称: Homotrimer of ATG9B
要素
  • 複合体: Homotrimer of ATG9B
    • タンパク質・ペプチド: Autophagy-related protein 9B

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超分子 #1: Homotrimer of ATG9B

超分子名称: Homotrimer of ATG9B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 303 KDa

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分子 #1: Autophagy-related protein 9B

分子名称: Autophagy-related protein 9B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.667008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKDY KDDDDKDYKD DDDKHHHHHH ENLYFQGVSR MGWGGRRRRL GRWGDLGPGS VPLLPMPLPP PPPPSCRGPG GGRISIFSL SPAPHTRSSP SSFSPPTAGP PCSVLQGTGA SQSCHSALPI PATPPTQAQP AMTPASASPS WGSHSTPPLA P ATPTPSQQ ...文字列:
DYKDDDDKDY KDDDDKDYKD DDDKHHHHHH ENLYFQGVSR MGWGGRRRRL GRWGDLGPGS VPLLPMPLPP PPPPSCRGPG GGRISIFSL SPAPHTRSSP SSFSPPTAGP PCSVLQGTGA SQSCHSALPI PATPPTQAQP AMTPASASPS WGSHSTPPLA P ATPTPSQQ CPQDSPGLRV GPLIPEQDYE RLEDCDPEGS QDSPIHGEEQ QPLLHVPEGL RGSWHHIQNL DSFFTKIYSY HQ RNGFACI LLEDVFQLGQ FIFIVTFTTF LLRCVDYNVL FANQPSNHTR PGPFHSKVTL SDAILPSAQC AERIRSSPLL VLL LVLAAG FWLVQLLRSV CNLFSYWDIQ VFYREALHIP PEELSSVPWA EVQSRLLALQ RSGGLCVQPR PLTELDIHHR ILRY TNYQV ALANKGLLPA RCPLPWGGSA AFLSRGLALN VDLLLFRGPF SLFRGGWELP HAYKRSDQRG ALAARWGRTV LLLAA LNLA LSPLVLAWQV LHVFYSHVEL LRREPGALGA RGWSRLARLQ LRHFNELPHE LRARLARAYR PAAAFLRTAA PPAPLR TLL ARQLVFFAGA LFAALLVLTV YDEDVLAVEH VLTAMTALGV TATVARSFIP EEQCQGRAPQ LLLQTALAHM HYLPEEP GP GGRDRAYRQM AQLLQYRAVS LLEELLSPLL TPLFLLFWFR PRALEIIDFF HHFTVDVAGV GDICSFALMD VKRHGHPQ W LSAGQTEASL SQRAEDGKTE LSLMRFSLAH PLWRPPGHSS KFLGHLWGRV QQDAAAWGAT SARGPSTPGV LSNCTSPLP EAFLANLFVH PLLPPRDLSP TAPCPAAATA SLLASISRIA QDPSSVSPGG TGGQKLAQLP ELASAEMSLH VIYLHQLHQQ QQQQEPWGE AAASILSRPC SSPSQPPSPD EEKPSWSSDG SSPASSPRQQ WGTQKARNLF PGGFQVTTDT QKEPDRASCT D

UniProtKB: Autophagy-related protein 9B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.5; 200 mM NaCl; 1 mM TCEP; 10% glycerol supplemented with 0.001% w/v lauryl maltose neopentyl glycol and 0.0002% w/v cholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 50 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46296 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 37217 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6818472
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Generated ab initio from selected 2D classes using cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 104050
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coeffecient
得られたモデル

PDB-8poe:
Structure of tissue-specific lipid scramblase ATG9B homotrimer, refined with C3 symmetry applied

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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