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万見
- SASDDP9: C-terminal half of pseudorabies virus tegument protein UL37 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDP9
試料C-terminal half of pseudorabies virus tegument protein UL37
  • Tegument protein UL37 (protein), Suid alphaherpesvirus 1
機能・相同性Herpesvirus UL37 / Herpesvirus UL37 tegument protein / virion assembly / metal ion binding / UL37
機能・相同性情報
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
引用日付: 2018 Aug 30
タイトル: The dynamic nature of the conserved tegument protein UL37 of herpesviruses.
著者: "Koenigsberg A", "Heldwein E"
登録者
  • Andrea Koenigsberg (Tufts University School of Medicine)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2171
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.60 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.120
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2172
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.0) / ダミー原子の半径: 3.50 A / 対称性: P1 / コメント: Mean NSD (10 models ) = 0.78 / カイ2乗値: 1.120
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: C-terminal half of pseudorabies virus tegument protein UL37
試料濃度: 6 mg/ml
バッファ名称: 100 mM HEPES 150 mM NaCl 5% glycerol 0.1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)
pH: 7.5
要素 #1187タイプ: protein / 記述: Tegument protein UL37 / 分子量: 48.525 / 分子数: 1 / 由来: Suid alphaherpesvirus 1 / 参照: UniProt: Q911W0
配列: GPGSGLRADG AGETPMEAPT SAALVDLAAA ADLVNYPSMV HLEAMADPSF APFFVVTAVA DAYNCLLTAS YDRRADLAQV LTWARDYGAG LIPNVSGYRT KLAALVAALA REDLTVAHAR NVEALAHELH GVVRAAAEVL EAPAPAPPSL AASAFLGDLL ARALRRRLED ...配列:
GPGSGLRADG AGETPMEAPT SAALVDLAAA ADLVNYPSMV HLEAMADPSF APFFVVTAVA DAYNCLLTAS YDRRADLAQV LTWARDYGAG LIPNVSGYRT KLAALVAALA REDLTVAHAR NVEALAHELH GVVRAAAEVL EAPAPAPPSL AASAFLGDLL ARALRRRLED MATHTGDLLD SMATAAGAVA ERVVALERLF TCRFVFRGRT ASVFAPGEGG PCLGTWRLAD VVDAVGAFRA EVNTHRSDMR ADAGALRGVM AQTTEALREC EALGLQAPVF RTLCADHARL SKLQTSAALT AGRLQAATVL RPVERFLARW DLVSAALRRA VDERGVLALV ATLRETWTEA REEQAPPAPA FTPEELREAA DRVLGDYHEV AGDGEAGPDA VPLSASVNVR DWAAVNLEVL RRGARAPDDA SAGVPLLAQT WVPVDRLLAE VDAVSKGGSG GSWSHPQFEK

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実験情報

ビーム設備名称: Cornell High Energy Synchrotron Source (CHESS) G1
地域: Ithaca, NY / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.124612 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.531 mm
検出器名称: Pilatus 200K / タイプ: Pilatus / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: C-terminal half of Pseudorabiesvirus tegument protein UL37
測定日: 2017年6月3日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 300 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0074 0.2808
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 480 /
MinMax
Q0.007412 0.280191
P(R) point1 480
R0 140
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: Additional SEC parameters: Column type: Superdex 200 Increase 5/150 GE; Flow rate: 0.3 ml/min; Sample injection concentration: 6 mg/ml; Injection volume: 100 µl. The models displayed ...コメント: Additional SEC parameters: Column type: Superdex 200 Increase 5/150 GE; Flow rate: 0.3 ml/min; Sample injection concentration: 6 mg/ml; Injection volume: 100 µl. The models displayed in this entry are: Top, individual best-fit DAMMIN model and; Bottom, the bead-occupancy and volume-corrected averaged spatial representation of the protein (DAMFILT model) obtained from ten individual DAMMIN runs (NSD = 0.78; resolution estimate = 4.1 nm).
実験値Porod
分子量48 kDa-
体積-71 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.01739 9.0E-5 0.01746 0.0001
慣性半径, Rg 4.3 nm0.02 4.21 nm0.04

MinMax
D-14
Guinier point2 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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