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Yorodumi- PDB-6zdu: Structure of telomerase from Candida albicans in complexe with TW... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zdu | ||||||
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Title | Structure of telomerase from Candida albicans in complexe with TWJ fragment of telomeric RNA | ||||||
Components |
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Keywords | REPLICATION / Telomerase / catalytic core / RNA binding / telomere | ||||||
Function / homology | Function and homology information telomerase catalytic core complex / telomerase RNA reverse transcriptase activity / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) Candida albicans SC5314 (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.45 Å | ||||||
Authors | Zhai, L. / Rety, S. / Chen, W.F. / Auguin, D. / Xi, X.G. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2021 Title: Crystal structures of N-terminally truncated telomerase reverse transcriptase from fungi‡. Authors: Zhai, L.T. / Rety, S. / Chen, W.F. / Song, Z.Y. / Auguin, D. / Sun, B. / Dou, S.X. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zdu.cif.gz | 890 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zdu.ent.gz | 620 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zdu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zdu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zd1C 6zd2C 6zd6C 6zdpSC 6zdqC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 90092.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (yeast) Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 / Gene: TERT, orf19.5089, CAALFM_C108130CA Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A1D8PEA0, RNA-directed DNA polymerase #2: RNA chain | Mass: 21025.496 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Candida albicans SC5314 (yeast) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 0.1 M imidazole 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5 0.02 M sodium formate 0.02 M ammonium acetate 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate 0.02 M ...Details: 0.1 M imidazole 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5 0.02 M sodium formate 0.02 M ammonium acetate 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate 0.02 M sodium oxamate 12% glycerol and 7 % PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980109 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.980109 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.45→71.9 Å / Num. obs: 23166 / % possible obs: 92.1 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 141.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.45→3.788 Å / Redundancy: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 1.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.735 / Rrim(I) all: 1.94 / % possible all: 53.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZDP Resolution: 3.45→71.9 Å / SU ML: 0.6035 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 40.9535 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 166.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.45→71.9 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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