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万見
- SASDAQ8: kLANA mutant dimer-tetramer mixture (ORF73 tetramer, kLANA mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAQ8
試料kLANA mutant dimer-tetramer mixture
  • ORF73 tetramer (protein), kLANA mutant K1109E, Human herpesvirus 8
  • ORF73 dimer (protein), kLANA mutant K1109E, Human herpesvirus 8
機能・相同性: / Protein LANA1-like, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / : / ウイルスのライフサイクル / host cell nucleus / DNA binding / Protein LANA1
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2015
タイトル: KSHV but not MHV-68 LANA induces a strong bend upon binding to terminal repeat viral DNA.
著者: Rajesh Ponnusamy / Maxim V Petoukhov / Bruno Correia / Tania F Custodio / Franceline Juillard / Min Tan / Marta Pires de Miranda / Maria A Carrondo / J Pedro Simas / Kenneth M Kaye / Dmitri I ...著者: Rajesh Ponnusamy / Maxim V Petoukhov / Bruno Correia / Tania F Custodio / Franceline Juillard / Min Tan / Marta Pires de Miranda / Maria A Carrondo / J Pedro Simas / Kenneth M Kaye / Dmitri I Svergun / Colin E McVey /
要旨: Latency-associated nuclear antigen (LANA) is central to episomal tethering, replication and transcriptional regulation of γ2-herpesviruses. LANA binds cooperatively to the terminal repeat (TR) ...Latency-associated nuclear antigen (LANA) is central to episomal tethering, replication and transcriptional regulation of γ2-herpesviruses. LANA binds cooperatively to the terminal repeat (TR) region of the viral episome via adjacent LANA binding sites (LBS), but the molecular mechanism by which LANA assembles on the TR remains elusive. We show that KSHV LANA and MHV-68 LANA proteins bind LBS DNA using strikingly different modes. Solution structure of LANA complexes revealed that while kLANA tetramer is intrinsically bent both in the free and bound state to LBS1-2 DNA, mLANA oligomers instead adopt a rigid linear conformation. In addition, we report a novel non-ring kLANA structure that displays more flexibility at its assembly interface than previously demonstrated. We identified a hydrophobic pivot point located at the dimer-dimer assembly interface, which gives rotational freedom for kLANA to adopt variable conformations to accommodate both LBS1-2 and LBS2-1-3 DNA. Alterations in the arrangement of LBS within TR or at the tetramer assembly interface have a drastic effect on the ability of kLANA binding. We also show kLANA and mLANA DNA binding functions can be reciprocated. Although KSHV and MHV-68 are closely related, the findings provide new insights into how the structure, oligomerization, and DNA binding of LANA have evolved differently to assemble on the TR DNA.
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #335
タイプ: mix / ソフトウェア: oligomer / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.83
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #336
タイプ: mix / ソフトウェア: oligomer / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.83
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: kLANA mutant dimer-tetramer mixture / 試料濃度: 2.5 mg/ml / Entity id: 196 / 197
バッファ名称: 25 mM Na/K Phosphate / pH: 7.5
要素 #196名称: kLANA mutant K1109E / タイプ: protein / 記述: ORF73 tetramer / 分子量: 15.759 / 分子数: 4 / 由来: Human herpesvirus 8 / 参照: UniProt: Q9QR71
配列:
SHPRYQQPPV PYRQIDDCPA KARPQHIFYR RFLGKDGRRD PKCQWKFAVI FWGNDPYGLK KLSQAFQFGG VKAGPVSCLP HPGPDQSPIT YCVYVYCQNK DTSKKVQMAR LAWEASHPLA GNLQSSIVKF KKPLPLTQ
要素 #197名称: kLANA mutant K1109E / タイプ: protein / 記述: ORF73 dimer / 分子量: 15.759 / 分子数: 2 / 由来: Human herpesvirus 8 / 参照: UniProt: Q9QR71
配列:
SHPRYQQPPV PYRQIDDCPA KARPQHIFYR RFLGKDGRRD PKCQWKFAVI FWGNDPYGLK KLSQAFQFGG VKAGPVSCLP HPGPDQSPIT YCVYVYCQNK DTSKKVQMAR LAWEASHPLA GNLQSSIVKF KKPLPLTQ

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.93 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: kLANA mutant mixture / 測定日: 2014年6月21日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1552 4.9674
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 491 /
MinMax
Q0.155196 2.47606
P(R) point1 491
R0 9.5
結果
D max: 9.5 / カーブのタイプ: single_conc
コメント: Study of oligomeric states of mLANA and kLANA and their complexes with DNA
実験値StandardPorod
分子量30 kDa30 kDa30 kDa
体積--50 nm3

GuinierP(R)
前方散乱 I035 -
慣性半径, Rg 2.4 nm2.4 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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