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万見
- PDB-8unh: Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8unh
タイトルCryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp
要素
  • Sliding clampDNAクランプ
  • Sliding-clamp-loader large subunit
  • Sliding-clamp-loader small subunit
キーワードREPLICATION (DNA複製) / autoinhibited / DNA-free / catalytically inactive / stable
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication ...Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / DNAクランプ / gp45 sliding clamp, C terminal ...Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / DNAクランプ / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNAクランプ / Sliding-clamp-loader large subunit / Sliding-clamp-loader small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Tequatrovirus T4 (T4ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Huang, Y. / Marcus, K. / Subramanian, S. / Gee, L.C. / Gorday, K. / Ghaffari-Kashani, S. / Luo, X. / Zhang, L. / O'Donnell, M. / Subramanian, S. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Autoinhibition of a clamp-loader ATPase revealed by deep mutagenesis and cryo-EM.
著者: Kendra Marcus / Yongjian Huang / Subu Subramanian / Christine L Gee / Kent Gorday / Sam Ghaffari-Kashani / Xiao Ran Luo / Lisa Zheng / Michael O'Donnell / Sriram Subramaniam / John Kuriyan /
要旨: Clamp loaders are AAA+ ATPases that facilitate high-speed DNA replication. In eukaryotic and bacteriophage clamp loaders, ATP hydrolysis requires interactions between aspartate residues in one ...Clamp loaders are AAA+ ATPases that facilitate high-speed DNA replication. In eukaryotic and bacteriophage clamp loaders, ATP hydrolysis requires interactions between aspartate residues in one protomer, present in conserved 'DEAD-box' motifs, and arginine residues in adjacent protomers. We show that functional defects resulting from a DEAD-box mutation in the T4 bacteriophage clamp loader can be compensated by widely distributed single mutations in the ATPase domain. Using cryo-EM, we discovered an unsuspected inactive conformation of the clamp loader, in which DNA binding is blocked and the catalytic sites are disassembled. Mutations that restore function map to regions of conformational change upon activation, suggesting that these mutations may increase DNA affinity by altering the energetic balance between inactive and active states. Our results show that there are extensive opportunities for evolution to improve catalytic efficiency when an inactive intermediate is involved.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sliding-clamp-loader large subunit
E: Sliding-clamp-loader large subunit
C: Sliding-clamp-loader large subunit
D: Sliding-clamp-loader large subunit
A: Sliding-clamp-loader small subunit
G: Sliding clamp
H: Sliding clamp
F: Sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,46712
ポリマ－239,3728
非ポリマー1,0954
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Sliding-clamp-loader large subunit


分子量: 35834.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (T4ファージ) / 遺伝子: 44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04526
#2: タンパク質 Sliding-clamp-loader small subunit / Clamp loader gp62 subunit / Gene product 62 / gp62


分子量: 21391.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (T4ファージ) / 遺伝子: 62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04527
#3: タンパク質 Sliding clamp / DNAクランプ / GP45


分子量: 24881.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tequatrovirus T4 (T4ファージ) / 遺伝子: 45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04525
#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding ClampCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2T4 Bacteriophage Sliding Clamp (gp45)COMPLEX#31RECOMBINANT
3T4 Bacteriophage Clamp Loader (gp44 + gp62)COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.24 MDaNO
21NO
31NO
43
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Tequatrovirus T4 (T4ファージ)10665
32Tequatrovirus T4 (T4ファージ)10665
43Tequatrovirus T4 (T4ファージ)10665
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3粒子像選択template-free Blob_picker
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3CTF補正Patch-Based CTF Estimation
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC3初期オイラー角割当ab-initio reconstruction
10cryoSPARC3最終オイラー角割当heterogenous refinement
11cryoSPARC3分類heterogenous refinement
12cryoSPARC3３次元再構成Non-uniform refinement
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 17937844
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 455041 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313419
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44418154
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3751801
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0392073
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0022316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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