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- PDB-8fxr: Structure of neck with portal vertex of capsid of Agrobacterium p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fxr
タイトルStructure of neck with portal vertex of capsid of Agrobacterium phage Milano
要素
  • (Linking protein ...) x 2
  • Collar sheath protein, gp13
  • Major capsid protein, gp9
  • Minor capsid protein, gp10
  • Neck 1 protein, gp14
  • Neck 2 protein, gp15
  • Portal protein, gp7
  • Tail-terminator protein, gp18
  • Tail-tube, gp21
キーワードVIRUS (ウイルス) / Myophage / redox trigger
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor superfamily / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / Phage capsid / Phage capsid family
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion-associated protein / Head completion protein / Virion-associated protein / Virion-associated protein / Major capsid protein / Portal protein / Virion-associated protein / Virion-associated protein / Head-to-tail connector complex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium phage Milano (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Sonani, R.R. / Wang, F. / Esteves, N.C. / Kelly, R.J. / Sebastian, A. / Kreutzberger, M.A.B. / Leiman, P.G. / Scharf, B.E. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Neck and capsid architecture of the robust Agrobacterium phage Milano.
著者: Ravi R Sonani / Nathaniel C Esteves / Abigail A Horton / Rebecca J Kelly / Amanda L Sebastian / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Petr G Leiman / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is ...Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is connected to the host-recognizing tail remains poorly understood. We describe cryo-EM structures of the neck, the neck-capsid and neck-tail junctions, and capsid of the Agrobacterium phage Milano. The Milano neck 1 protein connects the 12-fold symmetrical neck to a 5-fold vertex of the icosahedral capsid. Comparison of Milano neck 1 homologs leads to four proposed classes, likely evolved from the simplest one in siphophages to more complex ones in myo- and podophages. Milano neck is surrounded by the atypical collar, which covalently crosslinks the tail sheath to neck 1. The Milano capsid is decorated with three types of proteins, a minor capsid protein (mCP) and two linking proteins crosslinking the mCP to the major capsid protein. The extensive network of disulfide bonds within and between neck, collar, capsid and tail provides an exceptional structural stability to Milano.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
c: Linking protein 2, gp128
d: Linking protein 2, gp128
e: Linking protein 2, gp128
f: Linking protein 2, gp128
g: Linking protein 2, gp128
a: Neck 1 protein, gp14
b: Neck 1 protein, gp14
l: Neck 1 protein, gp14
n: Neck 1 protein, gp14
o: Neck 1 protein, gp14
p: Neck 1 protein, gp14
q: Neck 1 protein, gp14
h: Neck 1 protein, gp14
i: Neck 1 protein, gp14
j: Neck 1 protein, gp14
k: Neck 1 protein, gp14
m: Neck 1 protein, gp14
H: Neck 2 protein, gp15
I: Neck 2 protein, gp15
a1: Linking protein 2, gp128
b1: Linking protein 2, gp128
d1: Linking protein 2, gp128
e1: Linking protein 2, gp128
f1: Linking protein 1, gp16
g1: Major capsid protein, gp9
h1: Major capsid protein, gp9
k1: Major capsid protein, gp9
l1: Minor capsid protein, gp10
m1: Minor capsid protein, gp10
n1: Major capsid protein, gp9
o1: Major capsid protein, gp9
p1: Minor capsid protein, gp10
q1: Minor capsid protein, gp10
r1: Major capsid protein, gp9
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v1: Minor capsid protein, gp10
a2: Linking protein 2, gp128
b2: Linking protein 2, gp128
d2: Linking protein 2, gp128
e2: Linking protein 2, gp128
f2: Linking protein 1, gp16
g2: Major capsid protein, gp9
h2: Major capsid protein, gp9
k2: Major capsid protein, gp9
l2: Minor capsid protein, gp10
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n2: Major capsid protein, gp9
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p2: Minor capsid protein, gp10
q2: Minor capsid protein, gp10
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s2: Minor capsid protein, gp10
t2: Minor capsid protein, gp10
u2: Minor capsid protein, gp10
v2: Minor capsid protein, gp10
J3: Collar sheath protein, gp13
K3: Collar sheath protein, gp13
L3: Collar sheath protein, gp13
M3: Collar sheath protein, gp13
N3: Collar sheath protein, gp13
O3: Collar sheath protein, gp13
P3: Collar sheath protein, gp13
Q3: Collar sheath protein, gp13
R3: Collar sheath protein, gp13
S3: Collar sheath protein, gp13
T3: Collar sheath protein, gp13
U3: Collar sheath protein, gp13
V3: Collar sheath protein, gp13
W3: Collar sheath protein, gp13
X3: Collar sheath protein, gp13
Y3: Collar sheath protein, gp13
Z3: Collar sheath protein, gp13
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43: Collar sheath protein, gp13
53: Collar sheath protein, gp13
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73: Collar sheath protein, gp13
83: Collar sheath protein, gp13
93: Collar sheath protein, gp13
03: Collar sheath protein, gp13
A3: Collar sheath protein, gp13
B3: Collar sheath protein, gp13
C3: Collar sheath protein, gp13
D3: Collar sheath protein, gp13
E3: Collar sheath protein, gp13
F3: Collar sheath protein, gp13
G3: Collar sheath protein, gp13
a5: Linking protein 2, gp128
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f5: Linking protein 1, gp16
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v5: Minor capsid protein, gp10
a6: Linking protein 2, gp128
b6: Linking protein 2, gp128
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m6: Minor capsid protein, gp10
n6: Major capsid protein, gp9
o6: Major capsid protein, gp9
p6: Minor capsid protein, gp10
q6: Minor capsid protein, gp10
r6: Major capsid protein, gp9
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u6: Minor capsid protein, gp10
v6: Minor capsid protein, gp10
a7: Linking protein 2, gp128
b7: Linking protein 2, gp128
d7: Linking protein 2, gp128
e7: Linking protein 2, gp128
f7: Linking protein 1, gp16
g7: Major capsid protein, gp9
h7: Major capsid protein, gp9
k7: Major capsid protein, gp9
l7: Minor capsid protein, gp10
m7: Minor capsid protein, gp10
n7: Major capsid protein, gp9
o7: Major capsid protein, gp9
p7: Minor capsid protein, gp10
q7: Minor capsid protein, gp10
r7: Major capsid protein, gp9
s7: Minor capsid protein, gp10
t7: Minor capsid protein, gp10
u7: Minor capsid protein, gp10
v7: Minor capsid protein, gp10
AA: Portal protein, gp7
AB: Portal protein, gp7
AC: Portal protein, gp7
AD: Portal protein, gp7
AE: Portal protein, gp7
AF: Portal protein, gp7
AG: Portal protein, gp7
AH: Portal protein, gp7
AI: Portal protein, gp7
AJ: Portal protein, gp7
AK: Portal protein, gp7
AL: Portal protein, gp7
AM: Neck 2 protein, gp15
AQ: Tail-terminator protein, gp18
AU: Tail-tube, gp21
AR: Tail-terminator protein, gp18
AP: Neck 2 protein, gp15
AZ: Tail-tube, gp21
AN: Neck 2 protein, gp15
AS: Tail-terminator protein, gp18
AV: Tail-tube, gp21
AT: Tail-terminator protein, gp18
Aa: Tail-tube, gp21
AO: Neck 2 protein, gp15
AW: Tail-terminator protein, gp18
AY: Tail-tube, gp21
AX: Tail-terminator protein, gp18
Ab: Tail-tube, gp21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,948,734202
ポリマ－4,948,734202
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Linking protein ... , 2種, 30分子 cdefga1b1d1e1a2b2d2e2a5b5d5e5a6b6d6e6a7b7d7e7f1f2f5f6f7

#1: タンパク質・ペプチド ...
Linking protein 2, gp128


分子量: 3942.762 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ)
#4: タンパク質
Linking protein 1, gp16


分子量: 22913.605 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MFR0

-
タンパク質 , 8種, 172分子 ablnopqhijkmHIAMAPANAOg1h1k1n1o1r1g2h2k2n2o2r2...

#2: タンパク質
Neck 1 protein, gp14


分子量: 22255.439 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MHL8
#3: タンパク質
Neck 2 protein, gp15


分子量: 16052.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MFQ3
#5: タンパク質 ...
Major capsid protein, gp9


分子量: 52037.324 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MFS6
#6: タンパク質 ...
Minor capsid protein, gp10


分子量: 14548.290 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MFS0
#7: タンパク質 ...
Collar sheath protein, gp13


分子量: 24490.402 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MGH3
#8: タンパク質
Portal protein, gp7


分子量: 45840.844 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MFW7
#9: タンパク質
Tail-terminator protein, gp18


分子量: 20268.541 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MF73
#10: タンパク質
Tail-tube, gp21


分子量: 14673.427 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agrobacterium phage Milano (ファージ) / 参照: UniProt: A0A482MHE7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Agrobacterium phage Milano / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Agrobacterium fabrum str. C58
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10083 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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