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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b0f | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of C5b8-CD59 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / pore-forming | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway ...negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / COPII-mediated vesicle transport / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / specific granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of chemokine production / 小胞 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / 走化性 / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / 凝固・線溶系 / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / vesicle / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Bubeck, D. / Couves, E.C. / Gardner, S. | |||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59. 著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck / 要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography 著者: Afonine, P.V. / Poon, B.K. / Read, R.J. / Sobolev, O.V. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Adams, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b0f.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b0f.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8b0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15779MC 8b0gC 8b0hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 188512.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 13355.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CD59, MIC11, MIN1, MIN2, MIN3, MSK21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13987 |
-Complement component ... , 5種, 5分子 BCDEF
#2: タンパク質 | 分子量: 104918.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13671 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 93625.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10643 |
#4: タンパク質 | 分子量: 67136.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07358 |
#5: タンパク質 | 分子量: 65239.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07357 |
#6: タンパク質 | 分子量: 22302.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07360 |
-糖 , 3種, 4分子
#8: 多糖 | #9: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 1種, 2分子
#10: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12805 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1138825 詳細: CrYOLO neural network based particle picking, standard model, low threshold (0.01). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206782 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 87 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial rigid body fits were performed using UCSF Chimera and UCSF ChimeraX. Carbohydrates were added using Coot. Models were refined iteratively using Isolde and Phenix Real Space Refine. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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