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- PDB-7ndg: Cryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndg
タイトルCryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogenin and Repulsive Guidance Molecule B
要素
  • NeogeninNEO1
  • Netrin-1
  • RGM domain family member B
  • Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Signal transduction (シグナル伝達) / cell surface receptors / neuron regeneration / cell migration (遊走) / Netrin / Neogenin / Repulsive Guidance Molecule / complex structure / protein-protein interactions (タンパク質間相互作用)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / motor neuron migration / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / motor neuron migration / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of cell motility / nuclear migration / DCC mediated attractive signaling / regulation of synapse assembly / inner ear morphogenesis / DSCAM interactions / 基底膜 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / BMP signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / positive regulation of glial cell proliferation / 細胞接着 / マイクロフィラメント / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 細胞接着 / 脂質ラフト / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin-1 / Repulsive guidance molecule B / Neogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.98 Å
データ登録者Robinson, R.A. / Griffiths, S.C. / van de Haar, L.L. / Malinauskas, T. / van Battum, E.Y. / Zelina, P. / Schwab, R.A. / Karia, D. / Malinauskaite, L. / Brignani, S. ...Robinson, R.A. / Griffiths, S.C. / van de Haar, L.L. / Malinauskas, T. / van Battum, E.Y. / Zelina, P. / Schwab, R.A. / Karia, D. / Malinauskaite, L. / Brignani, S. / van den Munkhof, M. / Dudukcu, O. / De Ruiter, A.A. / Van den Heuvel, D.M.A. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
資金援助 英国, オランダ, 10件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L017776/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)ALW-VICI オランダ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission289581 オランダ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Simultaneous binding of Guidance Cues NET1 and RGM blocks extracellular NEO1 signaling.
著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / ...著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / Marleen H van den Munkhof / Özge Düdükcü / Anna A De Ruiter / Dianne M A Van den Heuvel / Benjamin Bishop / Jonathan Elegheert / A Radu Aricescu / R Jeroen Pasterkamp / Christian Siebold /
要旨: During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin ...During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin (NEO1) acts as an attractive guidance receptor when the Netrin-1 (NET1) ligand binds, but it mediates repulsion via repulsive guidance molecule (RGM) ligands. Here, we show that signal integration occurs through the formation of a ternary NEO1-NET1-RGM complex, which triggers reciprocal silencing of downstream signaling. Our NEO1-NET1-RGM structures reveal a "trimer-of-trimers" super-assembly, which exists in the cell membrane. Super-assembly formation results in inhibition of RGMA-NEO1-mediated growth cone collapse and RGMA- or NET1-NEO1-mediated neuron migration, by preventing formation of signaling-compatible RGM-NEO1 complexes and NET1-induced NEO1 ectodomain clustering. These results illustrate how simultaneous binding of ligands with opposing functions, to a single receptor, does not lead to competition for binding, but to formation of a super-complex that diminishes their functional outputs.
履歴
登録2021年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / em_entity_assembly / em_entity_assembly_molwt / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12286
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
B: Neogenin
F: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
N: RGM domain family member B
C: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
G: Netrin-1
H: Neogenin
M: RGM domain family member B
D: Netrin-1
E: Neogenin
I: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
O: RGM domain family member B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,64227
ポリマ－388,86712
非ポリマー2,77515
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Surface plasmon resonance-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021., assay ...根拠: surface plasmon resonance, Surface plasmon resonance-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021., assay for oligomerization, Cellular assay-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021., equilibrium centrifugation, Analytical ultracentrifugation (AUC)-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021., gel filtration, Gel filtration/size-exclusion chromatography (SEC)-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021., light scattering, Multi angle light scattering (MALS)-based experimental evidence for the assembly will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26560 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area139350 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 4種, 12分子 AGDBHEFCINMO

#1: タンパク質 Netrin-1 / / Epididymis tissue protein Li 131P / Netrin-1


分子量: 49227.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTN1, NTN1L / プラスミド: pHLsec
詳細 (発現宿主): Aricescu et al., Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 2006, PMID 17001101
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95631
#2: タンパク質 Neogenin / NEO1


分子量: 39268.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neo1 / プラスミド: pHLsec
詳細 (発現宿主): Aricescu et al., Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 2006, PMID 17001101
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7TQG5
#3: タンパク質 Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region) / DRG11-responsive axonal guidance and outgrowth of neurite / DRAGON


分子量: 28104.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGMB / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#4: タンパク質 RGM domain family member B / DRG11-responsive axonal guidance and outgrowth of neurite / DRAGON


分子量: 13022.377 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGMB / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40

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非ポリマー / 糖 , 2種, 15分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Guidance Molecule B complexCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Netrin 1COMPLEX#11RECOMBINANT
3NeogeninNEO1COMPLEX#21RECOMBINANT
4Repulsive Guidance Molecule BCOMPLEX#31RECOMBINANT
5Repulsive Guidance Molecule B C-terminal region (chain D)COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.50 MDaNO
220.39 MDaNO
330.039 MDaNO
440.18 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Mus musculus (ハツカネズミ)10090
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMCalcium chlorideCaCl21
41 mMSucrose octasulfate, sodium saltC12H14Na8O27S81
50.01 % (w/v)Sodium azideNaN31
試料濃度: 0.07 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The ternary NEO1-NET1-RGMB complex was purified by SEC on a S200 10/300 Increase column with a running buffer of 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% ...詳細: The ternary NEO1-NET1-RGMB complex was purified by SEC on a S200 10/300 Increase column with a running buffer of 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3 at 4 degrees C . The peak fraction containing the ternary complex was diluted to 0.07 mg per ml in SEC buffer.
試料支持詳細: Agar Scientific Ultra-thin carbon support film, 3 nm - on lacey carbon. https://www.agarscientific.com/ultra-thin-carbon-support-film-3-nm-on-holey-carbon
グリッドの材料: COPPER
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the ...詳細: Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the sample was pipetted per grid. Excess protein was blotted away for 3 seconds using filter paper (round filter paper for Vitrobot from Agar Scientific, catalogue number 47000-100) and Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) (relative force -15) at 95-100% humidity. Grids were plunge frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -500 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 37.26 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1635
詳細: Cryo-EM data were collected on a Titan Krios G3i microscope (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 kV with a 50 microm C2 aperture and Volta phase plate (Thermo Fisher Scientific), at ...詳細: Cryo-EM data were collected on a Titan Krios G3i microscope (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 kV with a 50 microm C2 aperture and Volta phase plate (Thermo Fisher Scientific), at the Division of Structural Biology, University of Oxford. Movies were recorded using a FEI Falcon III direct electron detector in electron counting mode using EPU software at a nominal magnification of 96000x, corresponding to a physical pixel size of 0.85 angstrom/pixel. A total dose of 40 electrons per square angstrom was used at a dose rate of 0.77 electrons/pix/sec.
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1.モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.18.2.モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 280158
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68541
詳細: In total 1635 movies were collected and drift correction, beam-induced motion and dose-weighting were performed with MotionCor2 RELION 3.1 (Zivanov et al., 2018) for 1635 movies. Contrast ...詳細: In total 1635 movies were collected and drift correction, beam-induced motion and dose-weighting were performed with MotionCor2 RELION 3.1 (Zivanov et al., 2018) for 1635 movies. Contrast transfer function (CTF) was estimated using CTFFIND 4.1 (Rohou and Grigorieff, 2015) implemented in RELION. 280158 particles were picked using Warp (Tegunov and Cramer, 2019). 2D classification in cryoSPARC v2 (Punjani et al., 2017) were performed for these particles and best 2D class averaged with 100674 particles were used to generate ab-initio 3D model with C3 symmetry. C1 symmetry did not generate reasonable 3D model. All Warp picked particles were used for 3D classification in cryoSPARC v2 and the best class with 177056 particles was used for refinement in RELION 3.1 with initial model generated in cryoSPARC v2. Byesian particle polishing improved the resolution to 5.44 angstrom, however the map for RGMB was very weak. Last step of 3D classification without alignment with T regularisation parameter set to 16 was performed and gave one class with more continuous map for RGMB, which was refined to 5.98 angstrom resolution, as estimated using the Fourier shell correlation (FSC) = 0.143 criterion.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Crystal structure used as a model for fitting and rigid body refinement will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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