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- EMDB-12286: Cryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12286
タイトルCryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogenin and Repulsive Guidance Molecule B
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Guidance Molecule B complex
    • 複合体: Netrin 1
      • タンパク質・ペプチド: Netrin-1
    • 複合体: NeogeninNEO1
      • タンパク質・ペプチド: NeogeninNEO1
    • 複合体: Repulsive Guidance Molecule B
      • タンパク質・ペプチド: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
    • 複合体: Repulsive Guidance Molecule B C-terminal region (chain D)
      • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • タンパク質・ペプチド: RGM domain family member B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / motor neuron migration / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / motor neuron migration / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of cell motility / nuclear migration / DCC mediated attractive signaling / regulation of synapse assembly / inner ear morphogenesis / DSCAM interactions / 基底膜 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / BMP signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / positive regulation of glial cell proliferation / 細胞接着 / マイクロフィラメント / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 細胞接着 / 脂質ラフト / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin-1 / Repulsive guidance molecule B / Neogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.98 Å
データ登録者Robinson RA / Griffiths SC / van de Haar LL / Malinauskas T / van Battum EY / Zelina P / Schwab RA / Karia D / Malinauskaite L / Brignani S ...Robinson RA / Griffiths SC / van de Haar LL / Malinauskas T / van Battum EY / Zelina P / Schwab RA / Karia D / Malinauskaite L / Brignani S / van den Munkhof M / Dudukcu O / De Ruiter AA / Van den Heuvel DMA / Bishop B / Elegheert J / Aricescu AR / Pasterkamp RJ / Siebold C
資金援助 英国, オランダ, 10件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L017776/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)ALW-VICI オランダ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission289581 オランダ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Simultaneous binding of Guidance Cues NET1 and RGM blocks extracellular NEO1 signaling.
著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / ...著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / Marleen H van den Munkhof / Özge Düdükcü / Anna A De Ruiter / Dianne M A Van den Heuvel / Benjamin Bishop / Jonathan Elegheert / A Radu Aricescu / R Jeroen Pasterkamp / Christian Siebold /
要旨: During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin ...During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin (NEO1) acts as an attractive guidance receptor when the Netrin-1 (NET1) ligand binds, but it mediates repulsion via repulsive guidance molecule (RGM) ligands. Here, we show that signal integration occurs through the formation of a ternary NEO1-NET1-RGM complex, which triggers reciprocal silencing of downstream signaling. Our NEO1-NET1-RGM structures reveal a "trimer-of-trimers" super-assembly, which exists in the cell membrane. Super-assembly formation results in inhibition of RGMA-NEO1-mediated growth cone collapse and RGMA- or NET1-NEO1-mediated neuron migration, by preventing formation of signaling-compatible RGM-NEO1 complexes and NET1-induced NEO1 ectodomain clustering. These results illustrate how simultaneous binding of ligands with opposing functions, to a single receptor, does not lead to competition for binding, but to formation of a super-complex that diminishes their functional outputs.
履歴
登録2021年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年4月28日-
現状2021年4月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ndg
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.0066733146 - 0.017858697
平均 (標準偏差)0.00019691909 (±0.0013854764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.200299.200299.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.0070.0180.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12286_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_12286_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12286_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12286_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Gu...

全体名称: Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Guidance Molecule B complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Guidance Molecule B complex
    • 複合体: Netrin 1
      • タンパク質・ペプチド: Netrin-1
    • 複合体: NeogeninNEO1
      • タンパク質・ペプチド: NeogeninNEO1
    • 複合体: Repulsive Guidance Molecule B
      • タンパク質・ペプチド: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)
    • 複合体: Repulsive Guidance Molecule B C-terminal region (chain D)
      • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • タンパク質・ペプチド: RGM domain family member B
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Gu...

超分子名称: Cryo-EM structure of the ternary Netrin 1-Neogenin 1-Repulsive Guidance Molecule B complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

+
超分子 #2: Netrin 1

超分子名称: Netrin 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 390 KDa

+
超分子 #3: Neogenin

超分子名称: Neogenin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39 KDa

+
超分子 #4: Repulsive Guidance Molecule B

超分子名称: Repulsive Guidance Molecule B / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

+
超分子 #5: Repulsive Guidance Molecule B C-terminal region (chain D)

超分子名称: Repulsive Guidance Molecule B C-terminal region (chain D)
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5

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分子 #1: Netrin-1

分子名称: Netrin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.227402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGLSMFAGQ AAQPDPCSDE NGHPRRCIPD FVNAAFGKDV RVSSTCGRPP ARYCVVSERG EERLRSCHLC NASDPKKAHP PAFLTDLNN PHNLTCWQSE NYLQFPHNVT LTLSLGKKFE VTYVSLQFCS PRPESMAIYK SMDYGRTWVP FQFYSTQCRK M YNRPHRAP ...文字列:
GPGLSMFAGQ AAQPDPCSDE NGHPRRCIPD FVNAAFGKDV RVSSTCGRPP ARYCVVSERG EERLRSCHLC NASDPKKAHP PAFLTDLNN PHNLTCWQSE NYLQFPHNVT LTLSLGKKFE VTYVSLQFCS PRPESMAIYK SMDYGRTWVP FQFYSTQCRK M YNRPHRAP ITKQNEQEAV CTDSHTDMRP LSGGLIAFST LDGRPSAHDF DNSPVLQDWV TATDIRVAFS RLHTFGDENE DD SELARDS YFYAVSDLQV GGRCKCNGHA ARCVRDRDDS LVCDCRHNTA GPECDRCKPF HYDRPWQRAT AREANECVAC NCN LHARRC RFNMELYKLS GRKSGGVCLN CRHNTAGRHC HYCKEGYYRD MGKPITHRKA CKACDCHPVG AAGKTCNQTT GQCP CKDGV TGITCNRCAK GYQQSRSPIA PCIKGSGTET SQVAPA

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分子 #2: Neogenin

分子名称: Neogenin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 39.268199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGETRVPEV PSSLHVRPLV TSIVVSWTPP ENQNIVVRGY AIGYGIGSPH AQTIKVDYKQ RYYTIENLDP SSHYVITLKA FNNVGEGIP LYESAVTRPH TVPDPTPMMP PVGVQASILS HDTIRITWAD NSLPKHQKIT DSRYYTVRWK TNIPANTKYK N ANATTLSY ...文字列:
ETGETRVPEV PSSLHVRPLV TSIVVSWTPP ENQNIVVRGY AIGYGIGSPH AQTIKVDYKQ RYYTIENLDP SSHYVITLKA FNNVGEGIP LYESAVTRPH TVPDPTPMMP PVGVQASILS HDTIRITWAD NSLPKHQKIT DSRYYTVRWK TNIPANTKYK N ANATTLSY LVTGLKPNTL YEFSVMVTKG RRSSTWSMTA HGATFELVPT SPPKDVTVVS KEGKPRTIIV NWQPPSEANG KI TGYIIYY STDVNAEIHD WVIEPVVGNR LTHQIQELTL DTPYYFKIQA RNSKGMGPMS EAVQFRTPKA LGSAGKGSRL PDL GSDYKP PMSGSNSPHG SPTSPLDSNG TKHHHHHH

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分子 #3: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region)

分子名称: Repulsive Guidance Molecule B (C-terminal region) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.104494 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PHLRTFKDNF QTCKVEGAWP LIDNNYLSVQ VTNVPVVPGS SATATNKITI IFKAHHECTD QKVYQAVTDD LPAAFVDGTT SGGDSDAKS LRIVERESGH YVEMHARYIG TTVFVRQVGR YLTLAIRMPE DLAMSYEESQ DLQLCVNGCP LSERIDDGQG Q VSAILGHS ...文字列:
PHLRTFKDNF QTCKVEGAWP LIDNNYLSVQ VTNVPVVPGS SATATNKITI IFKAHHECTD QKVYQAVTDD LPAAFVDGTT SGGDSDAKS LRIVERESGH YVEMHARYIG TTVFVRQVGR YLTLAIRMPE DLAMSYEESQ DLQLCVNGCP LSERIDDGQG Q VSAILGHS LPRTSLVQAW PGYTLETANT QCHEKMPVKD IYFQSCVFDL LTTGDANFTA AAHSALEDVE ALHPRKERWH IF PSSGTKH HHHHH

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分子 #4: RGM domain family member B

分子名称: RGM domain family member B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.022377 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ETGQCRIQKC TTDFVSLTSH LNSAVDGFDS EFCKALRAYA GCTQRTSKAC RGNLVYHSAV LGISDLMSQR NCSKDGPTSS TNPEVTHDP CNYHSHAGAR EHRRGDQNPP SYLFCGLFGD

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / 詳細: Repulsive Guidance Molecule B / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMCaCl2Calcium chloride
1.0 mMC12H14Na8O27S8Sucrose octasulfate, sodium salt
0.01 % (w/v)NaN3Sodium azide

詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
詳細: Agar Scientific Ultra-thin carbon support film, 3 nm - on lacey carbon. https://www.agarscientific.com/ultra-thin-carbon-support-film-3-nm-on-holey-carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the ...詳細: Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the sample was pipetted per grid. Excess protein was blotted away for 3 seconds using filter paper (round filter paper for Vitrobot from Agar Scientific, catalogue number 47000-100) and Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) (relative force -15) at 95-100% humidity. Grids were plunge frozen in liquid ethane..
詳細The ternary NEO1-NET1-RGMB complex was purified by SEC on a S200 10/300 Increase column with a running buffer of 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3 at 4 degrees C . The peak fraction containing the ternary complex was diluted to 0.07 mg per ml in SEC buffer.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: -0.7000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1635 / 平均露光時間: 37.26 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Cryo-EM data were collected on a Titan Krios G3i microscope (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 kV with a 50 microm C2 aperture and Volta phase plate (Thermo Fisher Scientific), at ...詳細: Cryo-EM data were collected on a Titan Krios G3i microscope (Thermo Fisher Scientific) operating at 300 kV with a 50 microm C2 aperture and Volta phase plate (Thermo Fisher Scientific), at the Division of Structural Biology, University of Oxford. Movies were recorded using a FEI Falcon III direct electron detector in electron counting mode using EPU software at a nominal magnification of 96000x, corresponding to a physical pixel size of 0.85 angstrom/pixel. A total dose of 40 electrons per square angstrom was used at a dose rate of 0.77 electrons/pix/sec.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 280158
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 59019 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
詳細: In total 1635 movies were collected and drift correction, beam-induced motion and dose-weighting were performed with MotionCor2 RELION 3.1 (Zivanov et al., 2018) for 1635 movies. Contrast ...詳細: In total 1635 movies were collected and drift correction, beam-induced motion and dose-weighting were performed with MotionCor2 RELION 3.1 (Zivanov et al., 2018) for 1635 movies. Contrast transfer function (CTF) was estimated using CTFFIND 4.1 (Rohou and Grigorieff, 2015) implemented in RELION. 280158 particles were picked using Warp (Tegunov and Cramer, 2019). 2D classification in cryoSPARC v2 (Punjani et al., 2017) were performed for these particles and best 2D class averaged with 100674 particles were used to generate ab-initio 3D model with C3 symmetry. C1 symmetry did not generate reasonable 3D model. All Warp picked particles were used for 3D classification in cryoSPARC v2 and the best class with 177056 particles was used for refinement in RELION 3.1 with initial model generated in cryoSPARC v2. Byesian particle polishing improved the resolution to 5.44 angstrom, however the map for RGMB was very weak. Last step of 3D classification without alignment with T regularisation parameter set to 16 was performed and gave one class with more continuous map for RGMB, which was refined to 5.98 angstrom resolution, as estimated using the Fourier shell correlation (FSC) = 0.143 criterion.
使用した粒子像数: 68541
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Crystal structure used as a model for fitting and rigid body refinement will be described by Robinson, Griffiths, van de Haar, Malinauskas et al., Cell, 2021.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7ndg:
Cryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogenin and Repulsive Guidance Molecule B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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