+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kpw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the H-lobe of yeast CKM | ||||||
要素 | Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Mediator / Cdk8 / Med13 / Med12 / CycC / CDK / Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) / RNA Polymerase II (RNAポリメラーゼII) / PIWI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / mediator complex / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y.C. / Chao, T.C. / Kim, H.J. / Cholko, T. / Chen, S.F. / Nakanishi, K. / Chang, C.E. / Murakami, K. / Garcia, B.A. / Boyer, T.G. / Tsai, K.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure and noncanonical Cdk8 activation mechanism within an Argonaute-containing Mediator kinase module. 著者: Yi-Chuan Li / Ti-Chun Chao / Hee Jong Kim / Timothy Cholko / Shin-Fu Chen / Guojie Li / Laura Snyder / Kotaro Nakanishi / Chia-En Chang / Kenji Murakami / Benjamin A Garcia / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai / 要旨: The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic ...The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic mutations causative for neurodevelopmental disorders and cancer congregate in CKM subunits. However, the structure of the intact CKM and the mechanism by which Cdk8 is non-canonically activated and functionally affected by oncogenic CKM alterations are poorly understood. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of CKM that redefines prior CKM structural models and explains the mechanism of Med12-dependent Cdk8 activation. Med12 interacts extensively with CycC and activates Cdk8 by stabilizing its activation (T-)loop through conserved Med12 residues recurrently mutated in human tumors. Unexpectedly, Med13 has a characteristic Argonaute-like bi-lobal architecture. These findings not only provide a structural basis for understanding CKM function and pathological dysfunction, but also further impute a previously unknown regulatory mechanism of Mediator in transcriptional modulation through its Med13 Argonaute-like features. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kpw.cif.gz | 145.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7kpw.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kpw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpw | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 167049.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: SRB8, GIG1, MED12, NUT6, SSN5, YCR081W, YCR81W/YCR80W 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P25648 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: yeast CDK8 complexCyclin-dependent kinase 8 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.4, 200 mM NaCl, and 0.005% NP-40 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 実像数: 15075 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 815542 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36691 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|