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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gzv | ||||||
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タイトル | Identification of a druggable VP1-VP3 interprotomer pocket in the capsid of enteroviruses | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...: / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Geraets, J.A. / Flatt, J.W. / Domanska, A. / Butcher, S.J. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019 タイトル: A novel druggable interprotomer pocket in the capsid of rhino- and enteroviruses. 著者: Rana Abdelnabi / James A Geraets / Yipeng Ma / Carmen Mirabelli / Justin W Flatt / Aušra Domanska / Leen Delang / Dirk Jochmans / Timiri Ajay Kumar / Venkatesan Jayaprakash / Barij Nayan ...著者: Rana Abdelnabi / James A Geraets / Yipeng Ma / Carmen Mirabelli / Justin W Flatt / Aušra Domanska / Leen Delang / Dirk Jochmans / Timiri Ajay Kumar / Venkatesan Jayaprakash / Barij Nayan Sinha / Pieter Leyssen / Sarah J Butcher / Johan Neyts / 要旨: Rhino- and enteroviruses are important human pathogens, against which no antivirals are available. The best-studied inhibitors are "capsid binders" that fit in a hydrophobic pocket of the viral ...Rhino- and enteroviruses are important human pathogens, against which no antivirals are available. The best-studied inhibitors are "capsid binders" that fit in a hydrophobic pocket of the viral capsid. Employing a new class of entero-/rhinovirus inhibitors and by means of cryo-electron microscopy (EM), followed by resistance selection and reverse genetics, we discovered a hitherto unknown druggable pocket that is formed by viral proteins VP1 and VP3 and that is conserved across entero-/rhinovirus species. We propose that these inhibitors stabilize a key region of the virion, thereby preventing the conformational expansion needed for viral RNA release. A medicinal chemistry effort resulted in the identification of analogues targeting this pocket with broad-spectrum activity against Coxsackieviruses B (CVBs) and compounds with activity against enteroviruses (EV) of groups C and D, and even rhinoviruses (RV). Our findings provide novel insights in the biology of the entry of entero-/rhinoviruses and open new avenues for the design of broad-spectrum antivirals against these pathogens. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gzv.cif.gz | 269.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gzv.ent.gz | 216 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gzv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 0103MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10199 (タイトル: Identification of a druggable VP1-VP3 interprotomer pocket in the capsid of enteroviruses Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of CVB3 in complex with a small molecular inhibitor [micrographs - single frame]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31639.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス) 株: Nancy 参照: UniProt: P03313, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28836.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス) 株: Nancy 参照: UniProt: P03313, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 26195.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス) 株: Nancy 参照: UniProt: P03313, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 7580.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス) 株: Nancy 参照: UniProt: P03313, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
#5: 化合物 | ChemComp-FHK / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) / タイプ: VIRUS 詳細: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) NCBI Taxonomy ID: 103903 Full, non-enveloped virion from natural source Diameter: ~314A Triangulation: 1 (pT3) Benzene sulfonamide derivative Molecular weight: ...詳細: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) NCBI Taxonomy ID: 103903 Full, non-enveloped virion from natural source Diameter: ~314A Triangulation: 1 (pT3) Benzene sulfonamide derivative Molecular weight: 422Da Binding sites on capsid: 60 Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス) | |||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | |||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | |||||||||||||||
ウイルス殻 | 直径: 314 nm / 三角数 (T数): 1 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Inhibitor was added at 2500:1 molar ratio to purified CVB3 and incubated for 1h at 37C | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4891 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |