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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fcz | ||||||
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タイトル | Model of gC1q-Fc complex based on 7A EM map | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / antibody (抗体) / complex / C1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / 補体 / Classical antibody-mediated complement activation ...complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / 補体 / Classical antibody-mediated complement activation / neuron remodeling / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / Regulation of Complement cascade / astrocyte activation / synapse organization / microglial cell activation / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / antibacterial humoral response / postsynapse / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / 免疫応答 / 自然免疫系 / シナプス / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å | ||||||
データ登録者 | Ugurlar, D. / Howes, S.C. / de Kreuk, B.J.K. / de Jong, R.N. / Beurskens, F.J. / Koster, A.J. / Parren, P.W.H.I. / Sharp, T.H. / Gros, P. / Koning, R.I. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structures of C1-IgG1 provide insights into how danger pattern recognition activates complement. 著者: Deniz Ugurlar / Stuart C Howes / Bart-Jan de Kreuk / Roman I Koning / Rob N de Jong / Frank J Beurskens / Janine Schuurman / Abraham J Koster / Thomas H Sharp / Paul W H I Parren / Piet Gros / 要旨: Danger patterns on microbes or damaged host cells bind and activate C1, inducing innate immune responses and clearance through the complement cascade. How these patterns trigger complement initiation ...Danger patterns on microbes or damaged host cells bind and activate C1, inducing innate immune responses and clearance through the complement cascade. How these patterns trigger complement initiation remains elusive. Here, we present cryo-electron microscopy analyses of C1 bound to monoclonal antibodies in which we observed heterogeneous structures of single and clustered C1-immunoglobulin G1 (IgG1) hexamer complexes. Distinct C1q binding sites are observed on the two Fc-CH2 domains of each IgG molecule. These are consistent with known interactions and also reveal additional interactions, which are supported by functional IgG1-mutant analysis. Upon antibody binding, the C1q arms condense, inducing rearrangements of the C1rs proteases and tilting C1q's cone-shaped stalk. The data suggest that C1r may activate C1s within single, strained C1 complexes or between neighboring C1 complexes on surfaces. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fcz.cif.gz | 170 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fcz.ent.gz | 138.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/6fcz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14914.804 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 112-244 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14996.058 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 119-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02746 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 14302.143 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 117-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02747 | ||
#4: 抗体 | 分子量: 24427.619 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 234-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5 #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79120 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |