+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5np6 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 70S structure prior to bypassing | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Agirrezabala, X. / Samatova, E. / Klimova, M. / Zamora, M. / Gil-Carton, D. / Rodnina, M. / Valle, M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosome rearrangements at the onset of translational bypassing. 著者: Xabier Agirrezabala / Ekaterina Samatova / Mariia Klimova / Miguel Zamora / David Gil-Carton / Marina V Rodnina / Mikel Valle / ![]() ![]() 要旨: Bypassing is a recoding event that leads to the translation of two distal open reading frames into a single polypeptide chain. We present the structure of a translating ribosome stalled at the ...Bypassing is a recoding event that leads to the translation of two distal open reading frames into a single polypeptide chain. We present the structure of a translating ribosome stalled at the bypassing take-off site of of bacteriophage T4. The nascent peptide in the exit tunnel anchors the P-site peptidyl-tRNA to the ribosome and locks an inactive conformation of the peptidyl transferase center (PTC). The mRNA forms a short dynamic hairpin in the decoding site. The ribosomal subunits adopt a rolling conformation in which the rotation of the small subunit around its long axis causes the opening of the A-site region. Together, PTC conformation and mRNA structure safeguard against premature termination and read-through of the stop codon and reconfigure the ribosome to a state poised for take-off and sliding along the noncoding mRNA gap. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABDYZ
#1: RNA鎖 | ![]() 分子量: 9325.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 24490.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | ![]() 分子量: 498909.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#25: RNA鎖 | ![]() 分子量: 941544.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#26: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 5234.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWX
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | ![]() 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | ![]() 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | ![]() 分子量: 11546.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | ![]() 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | ![]() 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | ![]() 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | ![]() 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | ![]() 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | ![]() 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | ![]() 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 abcdefghijklmnopqrstuvwxyz01234
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 2.3 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 12 / 利用したフレーム数/画像: 2-10 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | 詳細: CTF correction inside Relion / タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36983 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |