+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12650 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryoEM structure of 3C9-sMAC | ||||||||||||
マップデータ | Locally sharpened map of 3C9-sMAC | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / 走化性 / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Menny A / Couves EC / Bubeck D | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance. 著者: Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck / 要旨: Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12650.map.gz | 216.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-12650-v30.xml emd-12650.xml | 28 KB 28 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12650.png | 57.5 KB | ||
その他 | emd_12650_half_map_1.map.gz emd_12650_half_map_2.map.gz | 193.9 MB 193.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12650 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Locally sharpened map of 3C9-sMAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC
ファイル | emd_12650_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC
ファイル | emd_12650_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 3C9-sMAC
+超分子 #1: 3C9-sMAC
+分子 #1: Complement component C7
+分子 #2: Complement component C8 beta chain
+分子 #3: Complement component C8 alpha chain
+分子 #4: Complement component C9
+分子 #5: Complement component C6
+分子 #6: Complement C5
+分子 #7: Complement component C8 gamma chain
+分子 #10: beta-D-mannopyranose
+分子 #11: CALCIUM ION
+分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #13: alpha-L-fucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.065 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4-1) |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Initial model generated in Relion |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 85151 |