PDB-7c9r: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBR...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 7c9r
• タイトル: STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF THIORHODOVIBRIO STRAIN 970

要素

• (Alpha subunit ...) x 2
• (Antenna complex alpha/beta ...) x 3
• (Photosynthetic reaction ...) x 2
• L subunit of the reaction center
• LHC domain-containing protein
• Reaction center protein M chainPhotosynthetic reaction centre

• キーワード: PHOTOSYNTHESIS (光合成) / LH1-RC / PURPLE BACTERIA (紅色細菌)

機能・相同性

分子機能:

: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜

ドメイン・相同性:

: / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.

構成要素:

オクタデカン / バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / ジアシルグリセロール / : / Chem-H4X / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE 8 / Chem-PGV / Ubiquinone-8 / Antenna complex alpha/beta subunit / Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex / Photosynthetic reaction center L subunit / Reaction center protein M chain / Antenna complex alpha/beta subunit / Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex / Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial / LHC domain-containing protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Antenna complex alpha/beta subunit

• 生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
• 手法: 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
• データ登録者: Tani, K. / Kanno, R. / Makino, Y. / Hall, M. / Takenouchi, M. / Imanishi, M. / Yu, L.-J. / Overmann, J. / Madigan, M.T. / Kimura, Y. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Wang-Otomo, Z.-Y.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101118	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101116	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP16H04174	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H05153	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H05086	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H02856	日本

• 引用: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020; タイトル: Cryo-EM structure of a Ca-bound photosynthetic LH1-RC complex containing multiple αβ-polypeptides.; 著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Yuki Makino / Malgorzata Hall / Mizuki Takenouchi / Michie Imanishi / Long-Jiang Yu / Jörg Overmann / Michael T Madigan / Yukihiro Kimura / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo / ; 要旨: The light-harvesting-reaction center complex (LH1-RC) from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970 exhibits an LH1 absorption maximum at 960 nm, the most red-shifted absorption for any bacteriochlorophyll (BChl) a-containing species. Here we present a cryo-EM structure of the strain 970 LH1-RC complex at 2.82 Å resolution. The LH1 forms a closed ring structure composed of sixteen pairs of the αβ-polypeptides. Sixteen Ca ions are present in the LH1 C-terminal domain and are coordinated by residues from the αβ-polypeptides that are hydrogen-bonded to BChl a. The Ca-facilitated hydrogen-bonding network forms the structural basis of the unusual LH1 redshift. The structure also revealed the arrangement of multiple forms of α- and β-polypeptides in an individual LH1 ring. Such organization indicates a mechanism of interplay between the expression and assembly of the LH1 complex that is regulated through interactions with the RC subunits inside.

履歴

登録	2020年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

集合体

登録構造単位

C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

L: L subunit of the reaction center

M: Reaction center protein M chain

H: Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial

A: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

B: Antenna complex alpha/beta subunit

D: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

E: Antenna complex alpha/beta subunit

F: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

G: Antenna complex alpha/beta subunit

I: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

J: Antenna complex alpha/beta subunit

K: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

N: Antenna complex alpha/beta subunit

O: Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

P: Antenna complex alpha/beta subunit

Q: Antenna complex alpha/beta subunit

R: Antenna complex alpha/beta subunit

S: LHC domain-containing protein

T: Antenna complex alpha/beta subunit

U: LHC domain-containing protein

V: Antenna complex alpha/beta subunit

W: LHC domain-containing protein

X: Antenna complex alpha/beta subunit

Y: LHC domain-containing protein

Z: Antenna complex alpha/beta subunit

1: LHC domain-containing protein

2: Antenna complex alpha/beta subunit

3: LHC domain-containing protein

4: Antenna complex alpha/beta subunit

5: LHC domain-containing protein

6: Antenna complex alpha/beta subunit

7: LHC domain-containing protein

8: Antenna complex alpha/beta subunit

9: Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex

0: Antenna complex alpha/beta subunit

ヘテロ分子

概要:

• 442 kDa, 36 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	442,274	160
ポリマ－	363,118	36
非ポリマー	79,156	124
水	0

1

概要:

• 登録構造と同一
• 登録者が定義した集合体
• 根拠: mass spectrometry

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555		1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	A
2	2	F
1	3	A
2	3	I
1	4	A
2	4	K
1	5	A
2	5	O
1	6	A
2	6	S
1	7	A
2	7	U
1	8	A
2	8	W
1	9	A
2	9	Y
1	10	A
2	10	1
1	11	A
2	11	3
1	12	A
2	12	5
1	13	A
2	13	7
1	14	B
2	14	E
1	15	B
2	15	G
1	16	B
2	16	J
1	17	B
2	17	N
1	18	B
2	18	P
1	19	B
2	19	R
1	20	B
2	20	T
1	21	B
2	21	V
1	22	B
2	22	X
1	23	B
2	23	Z
1	24	B
2	24	2
1	25	B
2	25	4
1	26	B
2	26	6
1	27	B
2	27	8
1	28	B
2	28	0
1	29	D
2	29	F
1	30	D
2	30	I
1	31	D
2	31	K
1	32	D
2	32	O
1	33	D
2	33	S
1	34	D
2	34	U
1	35	D
2	35	W
1	36	D
2	36	Y
1	37	D
2	37	1
1	38	D
2	38	3
1	39	D
2	39	5
1	40	D
2	40	7
1	41	E
2	41	G
1	42	E
2	42	J
1	43	E
2	43	N
1	44	E
2	44	P
1	45	E
2	45	R
1	46	E
2	46	T
1	47	E
2	47	V
1	48	E
2	48	X
1	49	E
2	49	Z
1	50	E
2	50	2
1	51	E
2	51	4
1	52	E
2	52	6
1	53	E
2	53	8
1	54	E
2	54	0
1	55	F
2	55	I
1	56	F
2	56	K
1	57	F
2	57	O
1	58	F
2	58	S
1	59	F
2	59	U
1	60	F
2	60	W
1	61	F
2	61	Y
1	62	F
2	62	1
1	63	F
2	63	3
1	64	F
2	64	5
1	65	F
2	65	7
1	66	G
2	66	J
1	67	G
2	67	N
1	68	G
2	68	P
1	69	G
2	69	R
1	70	G
2	70	T
1	71	G
2	71	V
1	72	G
2	72	X
1	73	G
2	73	Z
1	74	G
2	74	2
1	75	G
2	75	4
1	76	G
2	76	6
1	77	G
2	77	8
1	78	G
2	78	0
1	79	I
2	79	K
1	80	I
2	80	O
1	81	I
2	81	S
1	82	I
2	82	U
1	83	I
2	83	W
1	84	I
2	84	Y
1	85	I
2	85	1
1	86	I
2	86	3
1	87	I
2	87	5
1	88	I
2	88	7
1	89	J
2	89	N
1	90	J
2	90	P
1	91	J
2	91	R
1	92	J
2	92	T
1	93	J
2	93	V
1	94	J
2	94	X
1	95	J
2	95	Z
1	96	J
2	96	2
1	97	J
2	97	4
1	98	J
2	98	6
1	99	J
2	99	8
1	100	J
2	100	0
1	101	K
2	101	O
1	102	K
2	102	S
1	103	K
2	103	U
1	104	K
2	104	W
1	105	K
2	105	Y
1	106	K
2	106	1
1	107	K
2	107	3
1	108	K
2	108	5
1	109	K
2	109	7
1	110	N
2	110	P
1	111	N
2	111	R
1	112	N
2	112	T
1	113	N
2	113	V
1	114	N
2	114	X
1	115	N
2	115	Z
1	116	N
2	116	2
1	117	N
2	117	4
1	118	N
2	118	6
1	119	N
2	119	8
1	120	N
2	120	0
1	121	O
2	121	S
1	122	O
2	122	U
1	123	O
2	123	W
1	124	O
2	124	Y
1	125	O
2	125	1
1	126	O
2	126	3
1	127	O
2	127	5
1	128	O
2	128	7
1	129	P
2	129	R
1	130	P
2	130	T
1	131	P
2	131	V
1	132	P
2	132	X
1	133	P
2	133	Z
1	134	P
2	134	2
1	135	P
2	135	4
1	136	P
2	136	6
1	137	P
2	137	8
1	138	P
2	138	0
1	139	R
2	139	T
1	140	R
2	140	V
1	141	R
2	141	X
1	142	R
2	142	Z
1	143	R
2	143	2
1	144	R
2	144	4
1	145	R
2	145	6
1	146	R
2	146	8
1	147	R
2	147	0
1	148	S
2	148	U
1	149	S
2	149	W
1	150	S
2	150	Y
1	151	S
2	151	1
1	152	S
2	152	3
1	153	S
2	153	5
1	154	S
2	154	7
1	155	T
2	155	V
1	156	T
2	156	X
1	157	T
2	157	Z
1	158	T
2	158	2
1	159	T
2	159	4
1	160	T
2	160	6
1	161	T
2	161	8
1	162	T
2	162	0
1	163	U
2	163	W
1	164	U
2	164	Y
1	165	U
2	165	1
1	166	U
2	166	3
1	167	U
2	167	5
1	168	U
2	168	7
1	169	V
2	169	X
1	170	V
2	170	Z
1	171	V
2	171	2
1	172	V
2	172	4
1	173	V
2	173	6
1	174	V
2	174	8
1	175	V
2	175	0
1	176	W
2	176	Y
1	177	W
2	177	1
1	178	W
2	178	3
1	179	W
2	179	5
1	180	W
2	180	7
1	181	X
2	181	Z
1	182	X
2	182	2
1	183	X
2	183	4
1	184	X
2	184	6
1	185	X
2	185	8
1	186	X
2	186	0
1	187	Y
2	187	1
1	188	Y
2	188	3
1	189	Y
2	189	5
1	190	Y
2	190	7
1	191	Z
2	191	2
1	192	Z
2	192	4
1	193	Z
2	193	6
1	194	Z
2	194	8
1	195	Z
2	195	0
1	196	1
2	196	3
1	197	1
2	197	5
1	198	1
2	198	7
1	199	2
2	199	4
1	200	2
2	200	6
1	201	2
2	201	8
1	202	2
2	202	0
1	203	3
2	203	5
1	204	3
2	204	7
1	205	4
2	205	6
1	206	4
2	206	8
1	207	4
2	207	0
1	208	5
2	208	7
1	209	6
2	209	8
1	210	6
2	210	0
1	211	8
2	211	0

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	3 - 71
2	0	1	0	D	3 - 71
1	0	2	0	A	3 - 71
2	0	2	0	F	3 - 71
1	0	3	0	A	3 - 71
2	0	3	0	I	3 - 71
1	0	4	0	A	3 - 71
2	0	4	0	K	3 - 71
1	0	5	0	A	3 - 71
2	0	5	0	O	3 - 71
1	0	6	0	A	3 - 71
2	0	6	0	S	3 - 71
1	0	7	0	A	3 - 71
2	0	7	0	U	3 - 71
1	0	8	0	A	3 - 71
2	0	8	0	W	3 - 71
1	0	9	0	A	3 - 71
2	0	9	0	Y	3 - 71
1	0	10	0	A	3 - 71
2	0	10	0	1	3 - 71
1	0	11	0	A	3 - 71
2	0	11	0	3	3 - 71
1	0	12	0	A	3 - 71
2	0	12	0	5	3 - 71
1	0	13	0	A	3 - 71
2	0	13	0	7	3 - 71
1	0	14	0	B	7 - 45
2	0	14	0	E	7 - 45
1	0	15	0	B	7 - 45
2	0	15	0	G	7 - 45
1	0	16	0	B	7 - 45
2	0	16	0	J	7 - 45
1	0	17	0	B	7 - 45
2	0	17	0	N	7 - 45
1	0	18	0	B	5 - 45
2	0	18	0	P	5 - 45
1	0	19	0	B	4 - 45
2	0	19	0	R	4 - 45
1	0	20	0	B	4 - 46
2	0	20	0	T	4 - 46
1	0	21	0	B	4 - 46
2	0	21	0	V	4 - 46
1	0	22	0	B	7 - 45
2	0	22	0	X	7 - 45
1	0	23	0	B	7 - 45
2	0	23	0	Z	7 - 45
1	0	24	0	B	7 - 45
2	0	24	0	2	7 - 45
1	0	25	0	B	4 - 45
2	0	25	0	4	4 - 45
1	0	26	0	B	4 - 46
2	0	26	0	6	4 - 46
1	0	27	0	B	7 - 45
2	0	27	0	8	7 - 45
1	0	28	0	B	7 - 45
2	0	28	0	0	7 - 45
1	0	29	0	D	2 - 73
2	0	29	0	F	2 - 73
1	0	30	0	D	2 - 72
2	0	30	0	I	2 - 72
1	0	31	0	D	2 - 73
2	0	31	0	K	2 - 73
1	0	32	0	D	2 - 72
2	0	32	0	O	2 - 72
1	0	33	0	D	2 - 71
2	0	33	0	S	2 - 71
1	0	34	0	D	3 - 72
2	0	34	0	U	3 - 72
1	0	35	0	D	3 - 72
2	0	35	0	W	3 - 72
1	0	36	0	D	3 - 72
2	0	36	0	Y	3 - 72
1	0	37	0	D	3 - 72
2	0	37	0	1	3 - 72
1	0	38	0	D	2 - 72
2	0	38	0	3	2 - 72
1	0	39	0	D	2 - 72
2	0	39	0	5	2 - 72
1	0	40	0	D	2 - 72
2	0	40	0	7	2 - 72
1	0	41	0	E	6 - 45
2	0	41	0	G	6 - 45
1	0	42	0	E	6 - 45
2	0	42	0	J	6 - 45
1	0	43	0	E	5 - 46
2	0	43	0	N	5 - 46
1	0	44	0	E	7 - 46
2	0	44	0	P	7 - 46
1	0	45	0	E	5 - 45
2	0	45	0	R	5 - 45
1	0	46	0	E	5 - 45
2	0	46	0	T	5 - 45
1	0	47	0	E	5 - 45
2	0	47	0	V	5 - 45
1	0	48	0	E	6 - 45
2	0	48	0	X	6 - 45
1	0	49	0	E	5 - 46
2	0	49	0	Z	5 - 46
1	0	50	0	E	6 - 45
2	0	50	0	2	6 - 45
1	0	51	0	E	7 - 45
2	0	51	0	4	7 - 45
1	0	52	0	E	5 - 45
2	0	52	0	6	5 - 45
1	0	53	0	E	5 - 46
2	0	53	0	8	5 - 46
1	0	54	0	E	6 - 45
2	0	54	0	0	6 - 45
1	0	55	0	F	2 - 72
2	0	55	0	I	2 - 72
1	0	56	0	F	2 - 73
2	0	56	0	K	2 - 73
1	0	57	0	F	2 - 72
2	0	57	0	O	2 - 72
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2	0	58	0	S	2 - 71
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1	0	60	0	F	3 - 72
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1	0	62	0	F	3 - 72
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2	0	75	0	4	7 - 45
1	0	76	0	G	6 - 45
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1	0	77	0	G	6 - 45
2	0	77	0	8	6 - 45
1	0	78	0	G	6 - 46
2	0	78	0	0	6 - 46
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2	0	79	0	K	2 - 72
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2	0	81	0	S	1 - 71
1	0	82	0	I	3 - 72
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1	0	83	0	I	3 - 72
2	0	83	0	W	3 - 72
1	0	84	0	I	3 - 72
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1	0	85	0	I	3 - 72
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1	0	95	0	J	6 - 45
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2	0	108	0	5	2 - 72
1	0	109	0	K	2 - 72
2	0	109	0	7	2 - 72
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1	0	111	0	N	5 - 45
2	0	111	0	R	5 - 45
1	0	112	0	N	5 - 45
2	0	112	0	T	5 - 45
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2	0	114	0	X	6 - 45
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2	0	115	0	Z	5 - 46
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2	0	117	0	4	7 - 45
1	0	118	0	N	5 - 45
2	0	118	0	6	5 - 45
1	0	119	0	N	5 - 46
2	0	119	0	8	5 - 46
1	0	120	0	N	6 - 45
2	0	120	0	0	6 - 45
1	0	121	0	O	1 - 71
2	0	121	0	S	1 - 71
1	0	122	0	O	3 - 72
2	0	122	0	U	3 - 72
1	0	123	0	O	3 - 72
2	0	123	0	W	3 - 72
1	0	124	0	O	3 - 72
2	0	124	0	Y	3 - 72
1	0	125	0	O	3 - 72
2	0	125	0	1	3 - 72
1	0	126	0	O	2 - 72
2	0	126	0	3	2 - 72
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2	0	130	0	T	7 - 46
1	0	131	0	P	7 - 46
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1	0	133	0	P	7 - 46
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2	0	135	0	4	5 - 45
1	0	136	0	P	7 - 46
2	0	136	0	6	7 - 46
1	0	137	0	P	7 - 46
2	0	137	0	8	7 - 46
1	0	138	0	P	7 - 45
2	0	138	0	0	7 - 45
1	0	139	0	R	4 - 45
2	0	139	0	T	4 - 45
1	0	140	0	R	4 - 45
2	0	140	0	V	4 - 45
1	0	141	0	R	6 - 45
2	0	141	0	X	6 - 45
1	0	142	0	R	5 - 45
2	0	142	0	Z	5 - 45
1	0	143	0	R	6 - 45
2	0	143	0	2	6 - 45
1	0	144	0	R	3 - 46
2	0	144	0	4	3 - 46
1	0	145	0	R	4 - 45
2	0	145	0	6	4 - 45
1	0	146	0	R	5 - 45
2	0	146	0	8	5 - 45
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2	0	147	0	0	6 - 45
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1	0	151	0	S	3 - 71
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1	0	152	0	S	2 - 71
2	0	152	0	3	2 - 71
1	0	153	0	S	2 - 71
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1	0	154	0	S	2 - 71
2	0	154	0	7	2 - 71
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1	0	165	0	U	3 - 74
2	0	165	0	1	3 - 74
1	0	166	0	U	3 - 73
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1	0	178	0	W	3 - 73
2	0	178	0	3	3 - 73
1	0	179	0	W	3 - 74
2	0	179	0	5	3 - 74
1	0	180	0	W	3 - 73
2	0	180	0	7	3 - 73
1	0	181	0	X	6 - 45
2	0	181	0	Z	6 - 45
1	0	182	0	X	6 - 46
2	0	182	0	2	6 - 46
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2	0	183	0	4	7 - 45
1	0	184	0	X	6 - 45
2	0	184	0	6	6 - 45
1	0	185	0	X	6 - 45
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1	0	191	0	Z	6 - 45
2	0	191	0	2	6 - 45
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2	0	192	0	4	7 - 45
1	0	193	0	Z	5 - 45
2	0	193	0	6	5 - 45
1	0	194	0	Z	5 - 46
2	0	194	0	8	5 - 46
1	0	195	0	Z	6 - 45
2	0	195	0	0	6 - 45
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1	0	197	0	1	3 - 73
2	0	197	0	5	3 - 73
1	0	198	0	1	3 - 73
2	0	198	0	7	3 - 73
1	0	199	0	2	7 - 45
2	0	199	0	4	7 - 45
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2	0	202	0	0	6 - 46
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2	0	203	0	5	2 - 73
1	0	204	0	3	2 - 74
2	0	204	0	7	2 - 74
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2	0	205	0	6	4 - 45
1	0	206	0	4	7 - 45
2	0	206	0	8	7 - 45
1	0	207	0	4	7 - 45
2	0	207	0	0	7 - 45
1	0	208	0	5	2 - 73
2	0	208	0	7	2 - 73
1	0	209	0	6	5 - 45
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1	0	210	0	6	6 - 45
2	0	210	0	0	6 - 45
1	0	211	0	8	6 - 45
2	0	211	0	0	6 - 45

NCSアンサンブル:

ID
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207
208
209
210
211

要素

Photosynthetic reaction ... , 2種, 2分子 C H

#1: タンパク質

C Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

詳細:

分子量: 42778.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: H8Z3S2

#4: タンパク質

H Photosynthetic reaction center, subunit H, bacterial / Photosynthetic reaction centre

詳細:

分子量: 28694.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: H8Z0X5

タンパク質 , 3種, 10分子 L M S U W Y 1 3 5 7

#2: タンパク質

L L subunit of the reaction center / Photosynthetic reaction center L subunit

詳細:

分子量: 30497.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIY6

#3: タンパク質

M Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction centre / Photosynthetic reaction center M subunit

詳細:

分子量: 36323.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIY7

#9: タンパク質

S U W Y 1 3 5 7
LHC domain-containing protein

詳細:

分子量: 8822.363 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: H8Z3R9

Alpha subunit ... , 2種, 7分子 A D F I K O 9

#5: タンパク質

A D F I K O
Alpha subunit 1 of light-harvesting 1 complex

詳細:

分子量: 8393.860 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIY5

#10: タンパク質

9 Alpha subunit 2 of light-harvesting 1 complex / Antenna complex alpha/beta subunit

詳細:

分子量: 9722.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIZ0

Antenna complex alpha/beta ... , 3種, 17分子 B P 4 E G J N R T V X Z 2 6 8 0 Q

#6: タンパク質・ペプチド

B P 4 Antenna complex alpha/beta subunit / Beta subunit 2 of light-harvesting 1 complex

詳細:

分子量: 5319.267 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIY9

#7: タンパク質・ペプチド

E G J N R T V X Z 2 6 8 0
Antenna complex alpha/beta subunit / Beta subunit 1 of light-harvesting 1 complex

詳細:

分子量: 5305.218 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: G1BIY4

#8: タンパク質

Q Antenna complex alpha/beta subunit

詳細:

分子量: 9233.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: H8Z3S4

糖 , 1種, 18分子

#24: 糖

B-102 B-104 E-102 G-102 J-102 N-101 P-102 R-101 T-102 V-102 X-102 Z-102 2-103 4-102 6-102 8-101 8-102 0-101
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

詳細:

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

非ポリマー , 13種, 106分子

#11: 化合物

C-401 C-402 C-403 C-404
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B

詳細:

分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

#12: 化合物

C-405 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

詳細:

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#13: 化合物

C-406 A-103 D-102 F-102 I-101 K-104 O-103 Q-102 S-102 U-101 W-101 Y-101 1-101 3-102 5-102 7-101 9-102
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

詳細:

分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#14: 化合物

C-407 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル / ジアシルグリセロール

詳細:

分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₆O₅

#15: 化合物

C-408 L-305 M-406 H-301 A-101 D-101 F-101 F-104 I-103 K-101 K-102 K-106 O-102 Q-101 Y-105 1-103 3-101 5-101 9-101
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL / Phosphatidylglycerol

詳細:

分子量: 749.007 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₇₇O₁₀P / コメント: リン脂質*YM

#16: 化合物

L-301 L-304 M-402 M-403 A-102 B-103 D-103 D-104 F-103 F-105 I-102 J-101 K-105 K-108 O-104 O-105 Q-103 Q-104 S-103 T-101 ...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル

詳細:

分子量: 911.504 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆

#17: 化合物

L-302 M-404 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン

詳細:

分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆

#18: 化合物

L-303 L-306 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8

詳細:

分子量: 727.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₉H₇₄O₄

#19: 化合物

L-307 5-106 ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン / オクタデカン

詳細:

分子量: 254.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈

#20: 化合物

M-401 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄

詳細:

分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

#21: 化合物

M-405 ChemComp-MQ8 / MENAQUINONE 8 / 2-METHYL-3-(3,7,11,15,19,23,27,31-OCTAMETHYL-DOTRIACONTA-2,6,10,14,18,22,26,30-OCTAENYL)-[1,4]NAPTHOQUINONE / メナキノン

詳細:

分子量: 717.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₇₂O₂

#22: 化合物

H-302 S-101 Y-103 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin

詳細:

分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₁H₁₅₆O₁₇P₂ / コメント: リン脂質*YM

#23: 化合物

B-101 E-101 G-101 K-103 K-107 O-101 O-106 P-101 Q-105 U-104 V-101 Z-101 2-101 4-101 5-105 6-101 7-104
ChemComp-H4X / (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E})-2,31-dimethoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26-undecaene / ジメトキシリコペン

詳細:

分子量: 600.956 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₆₄O₂

詳細

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: N

実験情報

実験

• 実験: 手法: 電子顕微鏡法
• EM実験: 試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

試料調製

• 構成要素: 名称: light-harvesting-reaction center complex from the purple phototrophic bacterium Thiorhodovibrio strain 970; タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
• 分子量: 値: 0.4 MDa / 実験値: NO
• 由来(天然): 生物種: Thiorhodovibrio sp. 970 (紅色硫黄細菌)
• 緩衝液: pH: 7.5
• 試料: 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
• 試料支持: グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
• 急速凍結: 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

電子顕微鏡撮影

• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
• 顕微鏡: モデル: FEI TITAN KRIOS
• 電子銃: 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
• 電子レンズ: モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE
• 試料ホルダ: 凍結剤: NITROGEN
• 撮影: 平均露光時間: 30.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Ų / 検出モード: COUNTING; フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

解析

• ソフトウェア: 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
2	EPU	画像取得
4	CTFFIND	CTF補正
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化
10	REFMAC	モデル精密化
11	EMAN2	初期オイラー角割当
12	RELION	最終オイラー角割当
13	RELION	分類
14	RELION	３次元再構成

• CTF補正: タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
• 粒子像の選択: 選択した粒子像数: 153004
• 対称性: 点対称性: C₁ (非対称)
• 3次元再構成: 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105234 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
• 原子モデル構築: B value: 60 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

原子モデル構築

PDB-ID: 5Y5S

5y5s

精密化

解像度: 2.82→139.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.757 / SU B: 11.544 / SU ML: 0.204 / ESU R: 0.412
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	Rfactor	反射数	%反射
Rwork	0.28212	-	-
obs	0.28212	225964	100 %

• 溶媒の処理: 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.211 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.03 Å2	-0.15 Å2	-0.23 Å2
2-	-	-0.26 Å2	0.06 Å2
3-	-	-	0.22 Å2

• 精密化ステップ: サイクル: 1 / 合計: 29228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.015	0.013	30277
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	3.245	1.855	41510
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	5.236	5	2973
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	35.447	22.518	1120
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	14.898	15	3978
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	18.662	15	75
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.127	0.2	3667
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	22616
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	7.627	4.58	12000
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	11.664	6.829	14937
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	11.678	5.612	18277
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	22.558	85.909	108317
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3952	0.1
1	2	D	3952	0.1
2	1	A	3926	0.11
2	2	F	3926	0.11
3	1	A	3940	0.1
3	2	I	3940	0.1
4	1	A	3928	0.1
4	2	K	3928	0.1
5	1	A	3910	0.11
5	2	O	3910	0.11
6	1	A	3944	0.1
6	2	S	3944	0.1
7	1	A	3910	0.1
7	2	U	3910	0.1
8	1	A	3952	0.1
8	2	W	3952	0.1
9	1	A	3952	0.11
9	2	Y	3952	0.11
10	1	A	3924	0.11
10	2	1	3924	0.11
11	1	A	3934	0.11
11	2	3	3934	0.11
12	1	A	3914	0.09
12	2	5	3914	0.09
13	1	A	3892	0.13
13	2	7	3892	0.13
14	1	B	2382	0.02
14	2	E	2382	0.02
15	1	B	2376	0.02
15	2	G	2376	0.02
16	1	B	2378	0.02
16	2	J	2378	0.02
17	1	B	2376	0.02
17	2	N	2376	0.02
18	1	B	2454	0.06
18	2	P	2454	0.06
19	1	B	2466	0.04
19	2	R	2466	0.04
20	1	B	2542	0.02
20	2	T	2542	0.02
21	1	B	2542	0.03
21	2	V	2542	0.03
22	1	B	2382	0.02
22	2	X	2382	0.02
23	1	B	2374	0.02
23	2	Z	2374	0.02
24	1	B	2376	0.02
24	2	2	2376	0.02
25	1	B	2516	0.06
25	2	4	2516	0.06
26	1	B	2536	0.04
26	2	6	2536	0.04
27	1	B	2376	0.02
27	2	8	2376	0.02
28	1	B	2372	0.02
28	2	0	2372	0.02
29	1	D	4142	0.09
29	2	F	4142	0.09
30	1	D	4090	0.08
30	2	I	4090	0.08
31	1	D	4136	0.09
31	2	K	4136	0.09
32	1	D	4028	0.11
32	2	O	4028	0.11
33	1	D	4004	0.1
33	2	S	4004	0.1
34	1	D	4010	0.09
34	2	U	4010	0.09
35	1	D	4042	0.07
35	2	W	4042	0.07
36	1	D	4052	0.1
36	2	Y	4052	0.1
37	1	D	4016	0.09
37	2	1	4016	0.09
38	1	D	4084	0.09
38	2	3	4084	0.09
39	1	D	4054	0.08
39	2	5	4054	0.08
40	1	D	4036	0.11
40	2	7	4036	0.11
41	1	E	2460	0.06
41	2	G	2460	0.06
42	1	E	2458	0.07
42	2	J	2458	0.07
43	1	E	2560	0.07
43	2	N	2560	0.07
44	1	E	2452	0.01
44	2	P	2452	0.01
45	1	E	2482	0.06
45	2	R	2482	0.06
46	1	E	2484	0.07
46	2	T	2484	0.07
47	1	E	2484	0.08
47	2	V	2484	0.08
48	1	E	2466	0.07
48	2	X	2466	0.07
49	1	E	2568	0.05
49	2	Z	2568	0.05
50	1	E	2464	0.06
50	2	2	2464	0.06
51	1	E	2386	0.01
51	2	4	2386	0.01
52	1	E	2476	0.08
52	2	6	2476	0.08
53	1	E	2562	0.08
53	2	8	2562	0.08
54	1	E	2452	0.06
54	2	0	2452	0.06
55	1	F	4068	0.11
55	2	I	4068	0.11
56	1	F	4108	0.11
56	2	K	4108	0.11
57	1	F	4028	0.12
57	2	O	4028	0.12
58	1	F	3974	0.1
58	2	S	3974	0.1
59	1	F	3984	0.1
59	2	U	3984	0.1
60	1	F	4012	0.09
60	2	W	4012	0.09
61	1	F	4026	0.11
61	2	Y	4026	0.11
62	1	F	4034	0.09
62	2	1	4034	0.09
63	1	F	4086	0.09
63	2	3	4086	0.09
64	1	F	4042	0.1
64	2	5	4042	0.1
65	1	F	4010	0.12
65	2	7	4010	0.12
66	1	G	2542	0.04
66	2	J	2542	0.04
67	1	G	2454	0.02
67	2	N	2454	0.02
68	1	G	2378	0
68	2	P	2378	0
69	1	G	2444	0.06
69	2	R	2444	0.06
70	1	G	2456	0.05
70	2	T	2456	0.05
71	1	G	2456	0.05
71	2	V	2456	0.05
72	1	G	2524	0.06
72	2	X	2524	0.06
73	1	G	2448	0.05
73	2	Z	2448	0.05
74	1	G	2524	0.06
74	2	2	2524	0.06
75	1	G	2380	0
75	2	4	2380	0
76	1	G	2460	0.06
76	2	6	2460	0.06
77	1	G	2454	0.04
77	2	8	2454	0.04
78	1	G	2534	0.04
78	2	0	2534	0.04
79	1	I	4076	0.1
79	2	K	4076	0.1
80	1	I	4118	0.11
80	2	O	4118	0.11
81	1	I	4010	0.11
81	2	S	4010	0.11
82	1	I	3992	0.09
82	2	U	3992	0.09
83	1	I	4018	0.09
83	2	W	4018	0.09
84	1	I	4040	0.09
84	2	Y	4040	0.09
85	1	I	4028	0.09
85	2	1	4028	0.09
86	1	I	4070	0.08
86	2	3	4070	0.08
87	1	I	4062	0.09
87	2	5	4062	0.09
88	1	I	4022	0.11
88	2	7	4022	0.11
89	1	J	2460	0.05
89	2	N	2460	0.05
90	1	J	2380	0.01
90	2	P	2380	0.01
91	1	J	2450	0.08
91	2	R	2450	0.08
92	1	J	2458	0.07
92	2	T	2458	0.07
93	1	J	2460	0.07
93	2	V	2460	0.07
94	1	J	2530	0.07
94	2	X	2530	0.07
95	1	J	2448	0.07
95	2	Z	2448	0.07
96	1	J	2526	0.08
96	2	2	2526	0.08
97	1	J	2382	0.01
97	2	4	2382	0.01
98	1	J	2460	0.07
98	2	6	2460	0.07
99	1	J	2454	0.06
99	2	8	2454	0.06
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LS精密化 シェル

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