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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6927 | |||||||||
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タイトル | Structure of the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ton system / ion channel (イオンチャネル) / energizer (エナジャイザー) / transporter (運搬体タンパク質) / proton motive force (化学浸透) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport ...energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / protein import / transmembrane transporter complex / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein transport / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Yonekura K / Yamashita Y / Matsuoka R / Maki-Yonekura S | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Hexameric and pentameric complexes of the ExbBD energizer in the Ton system. 著者: Saori Maki-Yonekura / Rei Matsuoka / Yoshiki Yamashita / Hirofumi Shimizu / Maiko Tanaka / Fumie Iwabuki / Koji Yonekura / 要旨: Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three ...Gram-negative bacteria import essential nutrients such as iron and vitamin B through outer membrane receptors. This process utilizes proton motive force harvested by the Ton system made up of three inner membrane proteins, ExbB, ExbD and TonB. ExbB and ExbD form the proton channel that energizes uptake through TonB. Recently, crystal structures suggest that the ExbB pentamer is the scaffold. Here, we present structures of hexameric complexes of ExbB and ExbD revealed by X-ray crystallography and single particle cryo-EM. Image analysis shows that hexameric and pentameric complexes coexist, with the proportion of hexamer increasing with pH. Channel current measurement and 2D crystallography support the existence and transition of the two oligomeric states in membranes. The hexameric complex consists of six ExbB subunits and three ExbD transmembrane helices enclosed within the central channel. We propose models for activation/inactivation associated with hexamer and pentamer formation and utilization of proton motive force. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6927.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6927-v30.xml emd-6927.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6927.png | 66.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6927.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6927 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6927 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6927.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2157 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
全体 | 名称: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM) |
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要素 |
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-超分子 #1: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM)
超分子 | 名称: the ExbB/ExbD hexameric complex (ExbB6ExbD3TM) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
-分子 #1: Biopolymer transport protein ExbB
分子 | 名称: Biopolymer transport protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 26.312322 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA ...文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA VVAPGIAEAL LATAIGLVAA IPAVVIYNVF ARQIGGFKAM LGDVAAQVLL LQSRDLDLEA SAAAHPVRVA QK LRAG UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB |
-分子 #2: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD
分子 | 名称: 22-mer peptide from Biopolymer transport protein ExbD タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 2.430062 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: NVTPFIDVML VLLIIFMVAA PL UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.81195 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38323 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5zfu: |