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- EMDB-35292: Structure of C5a bound human C5aR1 in complex with Go (Composite map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35292
タイトルStructure of C5a bound human C5aR1 in complex with Go (Composite map)
マップデータFull map
試料
  • 複合体: C5a bound human C5aR1 in complex with Go
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
    • 複合体: C5a anaphylatoxin
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Antibody fragment - ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment - ScFv16
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / G protein (Gタンパク質) / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / complement receptor mediated signaling pathway ...complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / : / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular defense response / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / 好中球 / secretory granule membrane / complement activation, classical pathway / locomotory behavior / muscle contraction / Regulation of Complement cascade / positive regulation of epithelial cell proliferation / G protein-coupled receptor activity / astrocyte activation / microglial cell activation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / mRNA transcription by RNA polymerase II / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / 認識 / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / positive regulation of angiogenesis / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / 走化性 / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / apical part of cell / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / cell body / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / killing of cells of another organism / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system ...Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Yadav MK / Yadav R / Maharana J / Banerjee R / Shukla AK / Gati C
資金援助 インド, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/20 インド
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of anaphylatoxin binding, activation, and signaling bias at complement receptors.
著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha ...著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha Mishra / Htet A Khant / Mohamed Chami / Trent M Woodruff / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / Cornelius Gati /
要旨: The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological ...The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological responses primarily via two GPCRs, C3aR and C5aR1. However, the molecular mechanism of ligand recognition, activation, and signaling bias of these receptors remains mostly elusive. Here, we present nine cryo-EM structures of C3aR and C5aR1 activated by their natural and synthetic agonists, which reveal distinct binding pocket topologies of complement anaphylatoxins and provide key insights into receptor activation and transducer coupling. We also uncover the structural basis of a naturally occurring mechanism to dampen the inflammatory response of C5a via proteolytic cleavage of the terminal arginine and the G-protein signaling bias elicited by a peptide agonist of C3aR identified here. In summary, our study elucidates the innerworkings of the complement anaphylatoxin receptors and should facilitate structure-guided drug discovery to target these receptors in a spectrum of disorders.
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0631 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.610623 - 2.0990112
平均 (標準偏差)0.00417966 (±0.019589724)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 382.716 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_35292_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_35292_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C5a bound human C5aR1 in complex with Go

全体名称: C5a bound human C5aR1 in complex with Go
要素
  • 複合体: C5a bound human C5aR1 in complex with Go
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
    • 複合体: C5a anaphylatoxin
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Antibody fragment - ScFv16
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment - ScFv16

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超分子 #1: C5a bound human C5aR1 in complex with Go

超分子名称: C5a bound human C5aR1 in complex with Go / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

超分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: C5a anaphylatoxin

超分子名称: C5a anaphylatoxin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #7: Antibody fragment - ScFv16

超分子名称: Antibody fragment - ScFv16 / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.273867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSDSF NYTTPDYGHY DDKDTLDLNT PVDKTSNTL RVPDILALVI FAVVFLVGVL GNALVVWVTA FEAKRTINAI WFLNLAVADF LSCLALPILF TSIVQHHHWP F GGAACSIL ...文字列:
MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSDSF NYTTPDYGHY DDKDTLDLNT PVDKTSNTL RVPDILALVI FAVVFLVGVL GNALVVWVTA FEAKRTINAI WFLNLAVADF LSCLALPILF TSIVQHHHWP F GGAACSIL PSLILLNMYA SILLLATISA DRFLLVFKPI WCQNFRGAGL AWIACAVAWG LALLLTIPSF LYRVVREEYF PP KVLCGVD YSHDKRRERA VAIVRLVLGF LWPLLTLTIC YTFILLRTWS RRATRSTKTL KVVVAVVASF FIFWLPYQVT GIM MSFLEP SSPTFLLLKK LDSLCVSFAY INCCINPIIY VVAGQGFQGR LRKSLPSLLR NVLTEESVVR ESKSFTRSTV DTMA QKTQA V

UniProtKB: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

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分子 #2: C5a anaphylatoxin

分子名称: C5a anaphylatoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.288676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGR

UniProtKB: Complement C5

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.193939 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYDQ VLHEDETTNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT S IILFLNKK ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYDQ VLHEDETTNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT S IILFLNKK DLFGEKIKKS PLTICFPEYT GPNTYEDAAA YIQAQFESKN RSPNKEIYCH MTCATDTNNA QVIFDAVTDI II ANNLRGC GLY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

+
分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #6: Antibody fragment - ScFv16

分子名称: Antibody fragment - ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.466486 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 10151 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10259948
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7wvv

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 292441
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7wvv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8ia2:
Structure of C5a bound human C5aR1 in complex with Go (Composite map)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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