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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ixg | ||||||
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タイトル | PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH THR 141 REPLACED BY ASP (T141D), COMPLEXED WITH PHOSPATE | ||||||
要素 | PHOSPHATE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | PHOSPHATE TRANSPORT / ULTRA HIGH RESOLUTION / PHOSPHATE BINDIN PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphatase activity / phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to radiation / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Luecke, H. / Quiocho, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: A low energy short hydrogen bond in very high resolution structures of protein receptor--phosphate complexes. 著者: Wang, Z. / Luecke, H. / Yao, N. / Quiocho, F.A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: Negative Electrostatic Surface Potential of Protein Sites Specific for Anionic Ligands 著者: Ledvina, P.S. / Yao, N. / Choudhary, A. / Quiocho, F.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Modulation of a Salt Link Does not Affect Binding of Phosphate to its Specific Active Transport Receptor 著者: Yao, N. / Ledvina, P.S. / Choudhary, A. / Quiocho, F.A. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Fine Tuning the Specificity of the Periplasmic Phosphate Transport Receptor. Site-Directed Mutagenesis, Ligand Binding, and Crystallographic Studies 著者: Wang, Z. / Choudhary, A. / Ledvina, P.S. / Quiocho, F.A. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: The Immunodominant 38-kDa Lipoprotein Antigen of Mycobacterium Tuberculosis is a Phosphate-Binding Protein 著者: Chang, Z. / Choudhary, A. / Lathigra, R. / Quiocho, F.A. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1990 タイトル: High Specificity of a Phosphate Transport Protein Determined by Hydrogen Bonds 著者: Luecke, H. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ixg.cif.gz | 208.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ixg.ent.gz | 164.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ixg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/1ixg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34471.582 Da / 分子数: 1 / 変異: T141D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: PAN92 / 細胞株: AN2538 / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 遺伝子: PHO-S / 細胞株 (発現宿主): AN2538 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PIBI24 / 参照: UniProt: P06128, UniProt: P0AG82*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wang, Z., (1994) J.Biol.Chem., 269, 25091. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→28.1 Å / Num. obs: 111988 / % possible obs: 71.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 32.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PBP 解像度: 1.05→28.1 Å / Num. parameters: 28566 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 546 / Occupancy sum non hydrogen: 3120.5 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→28.1 Å
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