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- EMDB-12650: cryoEM structure of 3C9-sMAC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12650
タイトルcryoEM structure of 3C9-sMAC
マップデータLocally sharpened map of 3C9-sMAC
試料
  • 複合体: 3C9-sMAC
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / 走化性 / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / : / Complement component 5, CUB domain / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / Thrombospondin type 1 domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin family conserved site / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Calycin / Lipocalin signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement component C9 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7 / Complement component C6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Menny A / Couves EC / Bubeck D
資金援助European Union, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)No. 864751European Union
Cancer Research UKC24523/A26234 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L015498/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance.
著者: Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck /
要旨: Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis.
履歴
登録2021年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月6日-
マップ公開2021年10月6日-
更新2021年11月17日-
現状2021年11月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nyc
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally sharpened map of 3C9-sMAC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.0017971476 - 2.2302163
平均 (標準偏差)0.0010316245 (±0.021396097)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 418.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.800418.800418.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29290
NX/NY/NZ140137200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0022.2300.001

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC

ファイルemd_12650_half_map_1.map
注釈Half map 2 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC

ファイルemd_12650_half_map_2.map
注釈Half map 1 from the 3D auto-refinement of 3C9-sMAC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 3C9-sMAC

全体名称: 3C9-sMAC
要素
  • 複合体: 3C9-sMAC
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C7
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C9
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C6
    • タンパク質・ペプチド: Complement C5Complement component 5
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 gamma chain
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-L-fucopyranose

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超分子 #1: 3C9-sMAC

超分子名称: 3C9-sMAC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: This sMAC oligomer contains one copy of C5b8 and 3 copies of C9, as well as multiple copies of the chaperones vitronectin and clusterin
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 1 MDa

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分子 #1: Complement component C7

分子名称: Complement component C7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 91.221484 KDa
配列文字列: SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRCF SGQCISKSLV CNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG NGYNELTGQF RNRVINTKSF GGQCRKVFSG DGKDFYRLSG N VLSYTFQV ...文字列:
SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRCF SGQCISKSLV CNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG NGYNELTGQF RNRVINTKSF GGQCRKVFSG DGKDFYRLSG N VLSYTFQV KINNDFNYEF YNSTWSYVKH TSTEHTSSSR KRSFFRSSSS SSRSYTSHTN EIHKGKSYQL LVVENTVEVA QF INNNPEF LQLAEPFWKE LSHLPSLYDY SAYRRLIDQY GTHYLQSGSL GGEYRVLFYV DSEKLKQNDF NSVEEKKCKS SGW HFVVKF SSHGCKELEN ALKAASGTQN NVLRGEPFIR GGGAGFISGL SYLELDNPAG NKRRYSAWAE SVTNLPQVIK QKLT PLYEL VKEVPCASVK KLYLKWALEE YLDEFDPCHC RPCQNGGLAT VEGTHCLCHC KPYTFGAACE QGVLVGNQAG GVDGG WSCW SSWSPCVQGK KTRSRECNNP PPSGGGRSCV GETTESTQCE DEELEHLRLL EPHCFPLSLV PTEFCPSPPA LKDGFV QDE GTMFPVGKNV VYTCNEGYSL IGNPVARCGE DLRWLVGEMH CQKIACVLPV LMDGIQSHPQ KPFYTVGEKV TVSCSGG MS LEGPSAFLCG SSLKWSPEMK NARCVQKENP LTQAVPKCQR WEKLQNSRCV CKMPYECGPS LDVCAQDERS KRILPLTV C KMHVLHCQGR NYTLTGRDSC TLPASAEKAC GACPLWGKCD AESSKCVCRE ASECEEEGFS ICVEVNGKEQ TMSECEAGA LRCRGQSISV TSIRPCAAET Q

+
分子 #2: Complement component C8 beta chain

分子名称: Complement component C8 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.122852 KDa
配列文字列: SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCEG FVCAQTGRCV NRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG SLASGINLFT NSFEGPVLDH RYYAGGCSPH YILNTRFRKP Y NVESYTPQ ...文字列:
SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCEG FVCAQTGRCV NRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG SLASGINLFT NSFEGPVLDH RYYAGGCSPH YILNTRFRKP Y NVESYTPQ TQGKYEFILK EYESYSDFER NVTEKMASKS GFSFGFKIPG IFELGISSQS DRGKHYIRRT KRFSHTKSVF LH ARSDLEV AHYKLKPRSL MLHYEFLQRV KRLPLEYSYG EYRDLFRDFG THYITEAVLG GIYEYTLVMN KEAMERGDYT LNN VHACAK NDFKIGGAIE EVYVSLGVSV GKCRGILNEI KDRNKRDTMV EDLVVLVRGG ASEHITTLAY QELPTADLMQ EWGD AVQYN PAIIKVKVEP LYELVTATDF AYSSTVRQNM KQALEEFQKE VSSCHCAPCQ GNGVPVLKGS RCDCICPVGS QGLAC EVSY RKNTPIDGKW NCWSNWSSCS GRRKTRQRQC NNPPPQNGGS PCSGPASETL DCS

+
分子 #3: Complement component C8 alpha chain

分子名称: Complement component C8 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.782992 KDa
配列文字列: AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQDF QCKETGRCLK RHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS QKAALGYNIL TQEDAQSVYD ASYYGGQCET VYNGEWRELR Y DSTCERLY ...文字列:
AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQDF QCKETGRCLK RHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS QKAALGYNIL TQEDAQSVYD ASYYGGQCET VYNGEWRELR Y DSTCERLY YGDDEKYFRK PYNFLKYHFE ALADTGISSE FYDNANDLLS KVKKDKSDSF GVTIGIGPAG SPLLVGVGVS HS QDTSFLN ELNKYNEKKF IFTRIFTKVQ TAHFKMRKDD IMLDEGMLQS LMELPDQYNY GMYAKFINDY GTHYITSGSM GGI YEYILV IDKAKMESLG ITSRDITTCF GGSLGIQYED KINVGGGLSG DHCKKFGGGK TERARKAMAV EDIISRVRGG SSGW SGGLA QNRSTITYRS WGRSLKYNPV VIDFEMQPIH EVLRHTSLGP LEAKRQNLRR ALDQYLMEFN ACRCGPCFNN GVPIL EGTS CRCQCRLGSL GAACEQTQTE GAKADGSWSC WSSWSVCRAG IQERRRECDN PAPQNGGASC PGRKVQTQAC

+
分子 #4: Complement component C9

分子名称: Complement component C9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.056594 KDa
配列文字列: QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVPT EPCEDAEDDC GNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP PCRDRVVEES ELARTAGYGI NILGMDPLST PFDNEFYNGL C NRDRDGNT ...文字列:
QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVPT EPCEDAEDDC GNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP PCRDRVVEES ELARTAGYGI NILGMDPLST PFDNEFYNGL C NRDRDGNT LTYYRRPWNV ASLIYETKGE KNFRTEHYEE QIEAFKSIIQ EKTSNFNAAI SLKFTPTETN KAEQCCEETA SS ISLHGKG SFRFSYSKNE TYQLFLSYSS KKEKMFLHVK GEIHLGRFVM RNRDVVLTTT FVDDIKALPT TYEKGEYFAF LET YGTHYS SSGSLGGLYE LIYVLDKASM KRKGVELKDI KRCLGYHLDV SLAFSEISVG AEFNKDDCVK RGEGRAVNIT SENL IDDVV SLIRGGTRKY AFELKEKLLR GTVIDVTDFV NWASSINDAP VLISQKLSPI YNLVPVKMKN AHLKKQNLER AIEDY INEF SVRKCHTCQN GGTVILMDGK CLCACPFKFE GIACEISKQK ISEGLPALEF PNEK

+
分子 #5: Complement component C6

分子名称: Complement component C6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 102.541312 KDa
配列文字列: CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPWS DCDPCIEKQS KVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC KNKFRCDSGR CIARKLECNG ENDCGDNSDE RDCGRTKAVC T RKYNPIPS ...文字列:
CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPWS DCDPCIEKQS KVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC KNKFRCDSGR CIARKLECNG ENDCGDNSDE RDCGRTKAVC T RKYNPIPS VQLMGNGFHF LAGEPRGEVL DNSFTGGICK TVKSSRTSNP YRVPANLENV GFEVQTAEDD LKTDFYKDLT SL GHNENQQ GSFSSQGGSS FSVPIFYSSK RSENINHNSA FKQAIQASHK KDSSFIRIHK VMKVLNFTTK AKDLHLSDVF LKA LNHLPL EYNSALYSRI FDDFGTHYFT SGSLGGVYDL LYQFSSEELK NSGLTEEEAK HCVRIETKKR VLFAKKTKVE HRCT TNKLS EKHEGSFIQG AEKSISLIRG GRSEYGAALA WEKGSSGLEE KTFSEWLESV KENPAVIDFE LAPIVDLVRN IPCAV TKRN NLRKALQEYA AKFDPCQCAP CPNNGRPTLS GTECLCVCQS GTYGENCEKQ SPDYKSNAVD GQWGCWSSWS TCDATY KRS RTRECNNPAP QRGGKRCEGE KRQEEDCTFS IMENNGQPCI NDDEEMKEVD LPEIEADSGC PQPVPPENGF IRNEKQL YL VGEDVEISCL TGFETVGYQY FRCLPDGTWR QGDVECQRTE CIKPVVQEVL TITPFQRLYR IGESIELTCP KGFVVAGP S RYTCQGNSWT PPISNSLTCE KDTLTKLKGH CQLGQKQSGS ECICMSPEED CSHHSEDLCV FDTDSNDYFT SPACKFLAE KCLNNQQLHF LHIGSCQDGR QLEWGLERTR LSSNSTKKES CGYDTCYDWE KCSASTSKCV CLLPPQCFKG GNQLYCVKMG SSTSEKTLN ICEVGTIRCA NRKMEILHPG KCLA

+
分子 #6: Complement C5

分子名称: Complement C5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 186.546656 KDa
配列文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP ...文字列:
QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP DFKIPSNPRY GMWTIKAKYK EDFSTTGTAY FEVKEYVLPH FSVSIEPEYN FIGYKNFKNF EITIKARYFY NK VVTEADV YITFGIREDL KDDQKEMMQT AMQNTMLING IAQVTFDSET AVKELSYYSL EDLNNKYLYI AVTVIESTGG FSE EAEIPG IKYVLSPYKL NLVATPLFLK PGIPYPIKVQ VKDSLDQLVG GVPVTLNAQT IDVNQETSDL DPSKSVTRVD DGVA SFVLN LPSGVTVLEF NVKTDAPDLP EENQAREGYR AIAYSSLSQS YLYIDWTDNH KALLVGEHLN IIVTPKSPYI DKITH YNYL ILSKGKIIHF GTREKFSDAS YQSINIPVTQ NMVPSSRLLV YYIVTGEQTA ELVSDSVWLN IEEKCGNQLQ VHLSPD ADA YSPGQTVSLN MATGMDSWVA LAAVDSAVYG VQRGAKKPLE RVFQFLEKSD LGCGAGGGLN NANVFHLAGL TFLTNAN AD DSQENDEPCK EILRPRRTLQ KKIEEIAAKY KHSVVKKCCY DGACVNNDET CEQRAARISL GPRCIKAFTE CCVVASQL R ANISHKDMQL GRLHMKTLLP VSKPEIRSYF PESWLWEVHL VPRRKQLQFA LPDSLTTWEI QGVGISNTGI CVADTVKAK VFKDVFLEMN IPYSVVRGEQ IQLKGTVYNY RTSGMQFCVK MSAVEGICTS ESPVIDHQGT KSSKCVRQKV EGSSSHLVTF TVLPLEIGL HNINFSLETW FGKEILVKTL RVVPEGVKRE SYSGVTLDPR GIYGTISRRK EFPYRIPLDL VPKTEIKRIL S VKGLLVGE ILSAVLSQEG INILTHLPKG SAEAELMSVV PVFYVFHYLE TGNHWNIFHS DPLIEKQKLK KKLKEGMLSI MS YRNADYS YSVWKGGSAS TWLTAFALRV LGQVNKYVEQ NQNSICNSLL WLVENYQLDN GSFKENSQYQ PIKLQGTLPV EAR ENSLYL TAFTVIGIRK AFDICPLVKI DTALIKADNF LLENTLPAQS TFTLAISAYA LSLGDKTHPQ FRSIVSALKR EALV KGNPP IYRFWKDNLQ HKDSSVPNTG TARMVETTAY ALLTSLNLKD INYVNPVIKW LSEEQRYGGG FYSTQDTINA IEGLT EYSL LVKQLRLSMD IDVSYKHKGA LHNYKMTDKN FLGRPVEVLL NDDLIVSTGF GSGLATVHVT TVVHKTSTSE EVCSFY LKI DTQDIEASHY RGYGNSDYKR IVACASYKPS REESSSGSSH AVMDISLPTG ISANEEDLKA LVEGVDQLFT DYQIKDG HV ILQLNSIPSS DFLCVRFRIF ELFEVGFLSP ATFTVYEYHR PDKQCTMFYS TSNIKIQKVC EGAACKCVEA DCGQMQEE L DLTISAETRK QTACKPEIAY AYKVSITSIT VENVFVKYKA TLLDIYKTGE AVAEKDSEIT FIKKVTCTNA ELVKGRQYL IMGKEALQIK YNFSFRYIYP LDSLTWIEYW PRDTTCSSCQ AFLANLDEFA EDIFLNGC

+
分子 #7: Complement component C8 gamma chain

分子名称: Complement component C8 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 20.410105 KDa
配列文字列:
QKPQRPRRPA SPISTIQPKA NFDAQQFAGT WLLVAVGSAC RFLQEQGHRA EATTLHVAPQ GTAMAVSTFR KLDGICWQVR QLYGDTGVL GRFLLQARDA RGAVHVVVAE TDYQSFAVLY LERAGQLSVK LYARSLPVSD SVLSGFEQRV QEAHLTEDQI F YFPKYGFC EAADQFHVLD EVRR

+
分子 #10: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 7 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース

+
分子 #11: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #13: alpha-L-fucopyranose

分子名称: alpha-L-fucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: FUC
分子量理論値: 164.156 Da
Chemical component information

ChemComp-FUC:
alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス / フコース

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.065 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4-1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Initial model generated in Relion
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 85151

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6h03

,

6h04

,

4a5w

,

2wcy

,

6cxo

)
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7nyc:
cryoEM structure of 3C9-sMAC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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