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- EMDB-12485: Structure of the mature RSV CA lattice: T=1 CA icosahedron -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12485
タイトルStructure of the mature RSV CA lattice: T=1 CA icosahedron
マップデータRSV CA T=1 particle
試料
  • ウイルス: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p27, alternate cleaved 1カプシド
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rous sarcoma virus (strain Prague C) (ラウス肉腫ウイルス) / Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Obr M / Ricana CL / Nikulin N / Feathers J-PR / Klanschnig M / Thader A / Johnson MC / Vogt VM / Schur FKM / Dick RA
資金援助 オーストリア, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP31445 オーストリア
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150454 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R35GM136258 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the mature Rous sarcoma virus lattice reveals a role for IP6 in the formation of the capsid hexamer.
著者: Martin Obr / Clifton L Ricana / Nadia Nikulin / Jon-Philip R Feathers / Marco Klanschnig / Andreas Thader / Marc C Johnson / Volker M Vogt / Florian K M Schur / Robert A Dick /
要旨: Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold ...Inositol hexakisphosphate (IP6) is an assembly cofactor for HIV-1. We report here that IP6 is also used for assembly of Rous sarcoma virus (RSV), a retrovirus from a different genus. IP6 is ~100-fold more potent at promoting RSV mature capsid protein (CA) assembly than observed for HIV-1 and removal of IP6 in cells reduces infectivity by 100-fold. Here, visualized by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, mature capsid-like particles show an IP6-like density in the CA hexamer, coordinated by rings of six lysines and six arginines. Phosphate and IP6 have opposing effects on CA in vitro assembly, inducing formation of T = 1 icosahedrons and tubes, respectively, implying that phosphate promotes pentamer and IP6 hexamer formation. Subtomogram averaging and classification optimized for analysis of pleomorphic retrovirus particles reveal that the heterogeneity of mature RSV CA polyhedrons results from an unexpected, intrinsic CA hexamer flexibility. In contrast, the CA pentamer forms rigid units organizing the local architecture. These different features of hexamers and pentamers determine the structural mechanism to form CA polyhedrons of variable shape in mature RSV particles.
履歴
登録2021年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7no0
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7no0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RSV CA T=1 particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.08270606 - 0.17907338
平均 (標準偏差)0.0002749659 (±0.003916739)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 555.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z555.520555.520555.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0830.1790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rous sarcoma virus - Prague C

全体名称: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p27, alternate cleaved 1カプシド

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超分子 #1: Rous sarcoma virus - Prague C

超分子名称: Rous sarcoma virus - Prague C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11888 / 生物種: Rous sarcoma virus - Prague C / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: T=1 icosahedron

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分子 #1: Capsid protein p27, alternate cleaved 1

分子名称: Capsid protein p27, alternate cleaved 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rous sarcoma virus (strain Prague C) (ラウス肉腫ウイルス)
株: Prague C
分子量理論値: 24.773594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: PVVIKTEGPA WTPLEPKLIT RLADTVRTKG LRSPITMAEV EALMSSPLLP HDVTNLMRVI LGPAPYALWM DAWGVQLQTV IAAATRDPR HPANGQGRGE RTNLNRLKGL ADGMVGNPQG QAALLRPGEL VAITASALQA FREVARLAEP AGPWADIMQG P SESFVDFA ...文字列:
PVVIKTEGPA WTPLEPKLIT RLADTVRTKG LRSPITMAEV EALMSSPLLP HDVTNLMRVI LGPAPYALWM DAWGVQLQTV IAAATRDPR HPANGQGRGE RTNLNRLKGL ADGMVGNPQG QAALLRPGEL VAITASALQA FREVARLAEP AGPWADIMQG P SESFVDFA NRLIKAVEGS DLPPSARAPV IIDCFRQKSQ PDIQQLIRTA PSTLTTPGEI IKYVLDRQKT A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 1.0 M / 構成要素 - 式: NaPi / 構成要素 - 名称: sodium phosphate
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time= 2.5 s blot force= 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 63000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150599
詳細: 2394 micrographs were taken, from which 374 particles were manually picked and 2D classified to generate templates for auto-picking. Two rounds of auto-picking and 2D classification resulted ...詳細: 2394 micrographs were taken, from which 374 particles were manually picked and 2D classified to generate templates for auto-picking. Two rounds of auto-picking and 2D classification resulted in 150599 extracted particles.
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf, RELION)
詳細: CTF estimation and correction was performed using GCTF in the RELION wrapper
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5772


詳細: Map was low pass filtered to 60 Angstrom^-1
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: 2D and 3D classification, CTF refinement and Bayesian particle polishing
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 20498

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3tir

詳細The CANTD and CACTD of one CA monomer of pdb 3TIR were independently placed into the EM-density using the rigid body fitting option in UCSF Chimera. Subsequently the linker connecting the two CA domains was joined in Coot. To account for the different monomer-monomer interactions in the RSV CA pentamer, the monomers were replicated according to the inherent 5-fold symmetry of the map and an additional ring of CACTDs was rigid-body fitted into the EM-densities of the surrounding CA pentamers. A map segment (defined by a mask extending 3 Angstrom around the rigid body fitted model) was extracted, and real-space coordinate refinement against the EM-density was performed using Phenix. This was iterated with manual model building in Coot, similar as described previously. In brief, secondary structure restraints and non-crystallographic symmetry (NCS) restraints were applied throughout all refinements. Each Phenix iteration consisted of 5 macro cycles, in which simulated annealing was performed in every macro cycle. Atomic displacement parameter (ADP) refinement was per formed at the end of each iteration.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7no0:
Structure of the mature RSV CA lattice: T=1 CA icosahedron

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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